היישוב הוקם באיירתש"י (1950) על ידי פליטי כפר עציון, וקבוצה מפליטי בארות יצחק (בנגב), קבוצות "אחדות" ו"תקוה" וניצולי השואה, שנתיים לאחר נפילת כפר עציון. את אירוע הנחת אבן הפינה עטרו בפסוק מספר עמוס: "וגדרתי את פרציהן והריסותיו אקים ובניתיה כימי עולם"[3]. היישוב מנה בעת הקמתו 210 נפשות, ונמסרו לו לעיבוד 3000 דונם אדמות עין חוד שננטשה[4]. במאי1952 הוקם במקום בית מרגוע[5] כהמשך לבית המרגוע שהיה בכפר עציון[6]. היישוב הוקם כקיבוץ, אך באמצע שנת 1953 הפך למושב שיתופי[7]. בסוף שנת 1957 היו במקום 120 חברים שהתפרנסו מ-2400 דונם, עדריצאן ובקר, רפת, לול ובית המרגוע[8]. בשנת 1960 נחנך מבנה חדש לבית המרגוע ובכך פינה מקום לחברי המושב להתגורר בבתים ששמשו קודם לכן את הנופשים בבית המרגוע[9].
הובעה ביקורת על עמדת גורמי הקליטה ביישוב להעדיף קליטת תושבים חיצוניים על פני בני המקום, זאת בשל העדפה דתית[13].
בית הכנסת "עטרת יצחק"
בית הכנסת בניר עציון נושא את שמו של הנדבןאייזיק וולפסון שתרם את הכסף לבניינו. בית הכנסת, הגדול והמרווח, נחנך בשנת 1963. הוא עוצב, בין השאר, על ידי חנוך אחימן, אף הוא מיוצאי כפר עציון. כאן נקבע נוסח התפילה, שלא כמו בשאר הקיבוצים הדתיים, כמו שהיה בבית הכנסת בכפר עציון שלפני נפילתו - נוסח התפילה החסידי נוסח ספרד.
