ניר אליהו עלה על הקרקע ב-27 ביולי 1950 (י"ג באבה'תש"י), במטרה להוות חוליה שלישית עם רמת הכובש וקיבוץ אייל אל מול קלקיליה מעברו השני של הגבול עם ירדן (הקו הירוק), שהיה מרוחק מהקיבוץ כחצי קילומטר[3]. זאת, למרות דעת מומחים חקלאיים שהמקום אינו מתאים להתיישבות[4]. לפני כן, במהלך מלחמת העצמאות, שימש אתר העלייה לקרקע של הקיבוץ עמדה קדמית של כוחות ערביים שנלחמו נגד כפר סבא ורמת הכובש[5]. הקיבוץ נקרא על שם אליהו גולומב ויושב על ידי חברות נוער של הקיבוצים גלעד, כפר גלעדי, עין חרוד, ואשדות יעקב, שכללו יוצאי טורקיה וחניכי עליית הנוער מרומניה ומפולין. רוב בני חברות הנוער היו יוצאי חברות הכשרה של הנח"ל ומיעוטם היו בחופשה משירות צבאי לצורך הקמת הקיבוץ, שהוקם בסיוע הנח"ל[6].
בתי הקיבוץ בשנות החמישים
בינואר 1952 הסתיימה חפירת באר, שסיפקה מים לקיבוץ[7]. בין סוף 1953 לתחילת 1954 התבצעו עבודות להסדרת קשר טלפוני אל הקיבוץ[8] ועבודות של סלילת כביש גישה החלו בתחילת 1953[9] והסתיימו באמצע 1954.
בשנים הראשונות סבל הקיבוץ מחבלות בציוד, במבנים וביבולים מצד מסתננים, והיה מעורב בתקריות ירי מכיוון קלקיליה[10]. ב-25 ביוני 1956 תקפו כוחות ירדנים סיור של משמר הגבול באזור, ושניים משוטרי מג"ב נהרגו. הירי גרם לשריפה בשדות ניר אליהו[11]. הקיבוץ גם שימש כנקודת יציאה של פעולות תגמול באזור קלקיליה, בהן "מבצע שומרון" לכיבוש משטרת קלקיליה ב-10 באוקטובר 1956. לאחר מבצע זה בו, פוצצה תחנת משטרת קלקיליה, הורגשה הקלה במצב הביטחוני בקיבוץ.
בשנת 1973 הוקם בקיבוץ מפעל "פלסטניר" שייצר שקיות פלסטיק ובין השאר ייצר את שקיות החלב של תנובה. בשנת 1978 נחנכה הרחבה של המפעל, אשר 75% מתוצרתו היה לייצוא[13].
במרוצת שנות קיומו, בעיקר עד שנות ה-70, הצטרפו לקיבוץ בעיקר גרעינים מ"התנועה המאוחדת", "הנוער העובד והלומד" ומתנועת "הבונים דרור" בדרום אפריקה ובמקסיקו, וכן מתנדבים מרחבי העולם וגרעיני נח"ל. בשנת 1975 היו בקיבוץ כ-120 חברים והוא פעל לגייס חברים נוספים[14].
בשנת 1978 עברו בקיבוץ מלינה משותפת של הילדים ללינה משפחתית. ב-1984 הוקם בקיבוץ בית קברות לאחר נפילתו של סג"ם אסף גביש בלבנון[15].
בעקבות האינתיפאדה הראשונה והשנייה וחדירות מחבלים באזור לביצוע פיגועים, ובעקבות סלילתו של כביש 6 ("חוצה ישראל") ממזרח לקיבוץ, הוקמה מערכת אבטחה וחומה בגובה 8 מ' המגינה על הכביש בתוואי גדר ההפרדה. מאז נוצר בקיבוץ שקט יחסי, והוא נהנה ממיקום אסטרטגי בין כביש 6 לכביש 4.
בשנות ה-80, במהלך משבר הקיבוצים נקלע הקיבוץ למצב כלכלי קשה, שבעקבותיו ידע עזיבה של עשרות חברים. בקיבוץ חפשו יוזמות שונות לשפר את מצבם הכלכלי. בשנת 1985 נחנך בקיבוץ מערכת חדישה להפקת קיטור מאנרגיית השמש[16]. אחת החברות הקימה עסק למרציפן[17] ובקיץ 1986 הקימו על שדות הקיבוץ שוק של שבת בשם פשפשוק[18]. השוק נחנך על ידי השר גד יעקבי ומנגד עורר את תרעומתו של השר יוסף בורג וחבר הכנסת מנחם הכהן שהלינו על שימוש באדמות הלאום לחילול שבת[19][20]. מינהל מקרקעי ישראל דרש גם הוא לסגור את השוק בגלל השימוש באדמות חקלאיות לשימוש לא חקלאי[21] ומשלא נענה פנה לבית המשפט שהוציא למקום צו סגירה עד הסדרתו מבחינה תכנונית[22]. בתחילה ניסו בקיבוץ להעביר את השוק למקום אחר המיועד לנופש
[23], אולם בהמשך החליטו באספה הכללית של הקיבוץ לותר על הפשפשוק[24]. בשנת 1990 פתחו בקיבוץ הפנינג לכל המשפחה בשבתות, שכלל סיור עגלות בקיבוץ, תיאטרון בובות ומשחקים[25][26].
בשנות ה-90 החלו חברי-משק לצאת לעבודה מחוץ לקיבוץ, ובמקביל הופרטו החשמל, המזון, הרכב והלימודים. נפתחו שירותים ללקוחות חיצוניים של מערכת החינוך, ונפתח גן אירועים סביב הבריכה. בשלהי העשור נסגרו הלולים, ונפתח "פאב הבקבוק", מראשוני תופעת ה"פאבים הקיבוציים". בשנת 2000 בוצע איחוד רפתות עם קיבוץ רביבים (ובהמשך כפר עזה), והחלה הפרדת המשק מהקהילה.
בשנים 2003–2007 נחתם "הסדר החובות המשלים", נוצר תאגוד נפרד לענפי הקיבוץ ושיוך נכסים, והחל מעבר להתנהלות הקיבוץ ב'מודל משולב'. ב-7 בספטמבר 2007 אישרו חברי הקיבוץ ברוב גדול את שינוי המעמד של הקיבוץ ל"קיבוץ מתחדש", תוך שמירה על סבסוד מוסדי בתחומי הבריאות והסיעוד, החינוך והתרבות, השירותים המשותפים ותמיכה לבני המשק בגין הזכויות שצברו הוריהם. השינוי תורגל במשך שלושה חודשים ולאחר מכן נכנס לתוקף. גם לאחר השינוי פועל חדר האוכל, החינוך המשותף (כולל לינה בגילאי י'-י"ב), מכבסה, רכב ציבורי ותרבות משותפת. תהליך יישום השינוי המבני נמשך בשנת 2009 בו הופרט השימוש במים. משנת 2008 החלה צמיחה כלכלית בקיבוץ, המיוחסת לשינוי המבני בו. כן החלה קליטה של חברים חדשים לקיבוץ בהתאם למודל החדש.
כיום מתגוררים בקיבוץ כ-265 חברים, עוד כארבעים בני משק ב"מסלול בנים בעצמאות כלכלית" לפני גיל הקבלה לחברות בקיבוץ (30–40), כמאתיים ילדים וחיילים מקרב בני המשק, וכן תושבים אחרים, בהם הורי חברים, צעירים מפרויקט "תלם" ועובדים המועסקים בקיבוץ. בסך הכול מתגוררים בקיבוץ כ-550 תושבים.
הקיבוץ מתבסס בעיקר על עבודת החברים בקיבוץ ומחוצה לו, וענפי התעשייה (שותפות "פלסטניר"), שירותים (ענף המזון, חינוך, ענפי תחזוקה), גן אירועים מורשה ("עדן על המים"), רפת משותפת עם קיבוץ רביבים וכפר עזה ("רן 2000"), חקלאות (גד"ש ומטעים בשותפות אזורית), אחסנה ואחזקות. כמו כן בקיבוץ כ-40 יזמים ועצמאיים בתחומי הייעוץ וההדרכה, אירוח וטיפול בבגד ובגוף.
בראש הקיבוץ עומדת המזכירות, אולם הריבון הוא מוסד "האספה" בה רשאים כל החברים להשתתף ובה מובאות לאישור ההחלטות החשובות. האספה מתכנסת על פי הצורך, ובממוצע אחת לחודש, והחלטות מהותיות עוברות להצבעה בקלפי.
ב-2019 צולמה בקיבוץ סדרת הטלוויזיה "הקיבוצניקים", ובה הקיבוץ קרוי בשם "מעיין חיים".
מפורסמים שעברו או התגוררו בקיבוץ
כמו קיבוצים רבים, גם בניר אליהו עברו ברבות השנים רבים וטובים: המפורסם שבהם היה אהוד בנאי שהיה חבר ב"גרעין חופית" בראשית שנות ה-70. במלחמת יום הכיפורים איבד בנאי את חברו הטוב מהגרעין בני ברק. רשמים מתקופה זו ניתן למצוא בשיריו וספרו.
בן הקיבוץ פרופ׳ אריאל קושמרו (בן לציונה ויוסף קושמרו ממיסדי הקיבוץ) הוא פרופ׳ להנדסת ביוטכנולוגה באוניברסיטת בן-גוריון.
חלוץ הפועל פתח תקווה ונבחרת ישראל בשנות ה-50 שלמה (צחי) נהרי היה חבר הקיבוץ ונהג לנסוע לאימונים לאחר יום עבודה בפרדס, איתו בגרעין היה גם יצחק לוי - שפיה שייצג את ישראל בשבעה משחקי "המכביה" והיה אלוף ישראל 13 שנים בתחום הקפיצה במוט, בריצת משוכות ובקרב 10. לאחר פרישתו מתחרויות שימש במשך שנים כקצין האימון הגופני של "היחידה" והכשיר דורות של מדריכי אימון גופני במכון וינגייט. נהרי ולוי - שפיה היו נוסעים עם הסעה מהקיבוץ לאחר יום עבודה מפרך עד שבחרו בספורט ועזבו את הקיבוץ, צחי לפתח תקווה ושפיה למושב גן-חיים הסמוך. שניהם מצויים בקשר טוב עם חברי הגרעין ונכחו בחגיגות ה-80 לחברי גרעין "בתלם" בחדר האוכל של הקיבוץ.
קפטן נבחרת הראגבי של ישראל בשנות השמונים פול המר היה חבר הקיבוץ לאחר שעלה עם גרעין של הבונים דרור מזימבבואה. בתחום הריצות הארוכות - בת-המשק יערה זנגי הייתה אלופת ישראל במרתון ומיני מרתון.
היזם החברתי עירד אייכלר שזכה על פועלו בפרס באו"ם לקידום אוכלוסיות מיוחדות ובפרס החינוך בישראל לשנת 2009 על מיזם "שכולו טוב" שייסד ומנהל גם הוא חבר הקיבוץ.
התסריטאי והכותב נדב בן סימון גדל בנערותו בקיבוץ ואף ניסה את מזלו בהרכב טריו בתפקיד הבסיסט, לצד נרי לנצ'נר שהמשיך בעצמו לקריירה מוזיקלית. הלהקה "חנ"ן" התגלתה על ידי אומן המיצג חוני המעגל בחג שבועות בקיבוץ כאשר ניגנו גרסאות טראש לשירי ארץ ישראל מעל במת החג. חוני לקח את הלהקה (שכללה גם את היינן ואיש-העסקים חגי לנגשטטר בתופים) להופעותיו במסגרת הפסטיבל לתיאטרון אחר בעכו.
