בברית החדשה עצמה לא מוזכרת מערה כמקום לידתו של ישו, אלא אבוס בלבד.
מערת המולד של ישו בבית לחם נזכרת לראשונה בכתובים על ידי אוריגנס במחצית המאה ה-3 לספירה. גם אוזביוס מקיסריה מזכיר את המערה בחיבורו "חיי קונסטנטינוס" ואת הכנסייה בחיבורו "אונומסטיקון". מסורות נוצריות המשתקפות בכתביו של הירונימוס טוענות כי המקום שימש כמקום פולחן לאלים יופיטר, ונוס ואדוניס[2]. מסורות מסוג זה מופיעות גם סביב בנייתה של כנסיית הקבר.
הכנסייה הראשונה הוקמה במקום בעקבות ועידת ניקיאה, על ידי בישוף העיר ירושלים מקאריוס (Makarios of Jerusalem), בשנת 325, ובהנחיית הלנה, אמו של הקיסר הרומאי קונסטנטינוס. המבנה המקורי נהרס בשנת 539 במהלך מרד השומרונים, והוקם מחדש כמה שנים מאוחר יותר בהוראת הקיסר יוסטיניאנוס.
הפלישה הפרסית לארץ ישראל בשנת 614 לא פגעה במבנה הכנסייה. באיגרת[3] אשר נשלחה מירושלים בשנת 836 לקיסר תיאופילוס, מתוארת עמידתה של הכנסייה בפני הרס הכובשים הפרסים:
אכן, הלנה המבורכת... הקימה את הכנסייה הגדולה [לכבוד] אם האלוהים [בעיר] בית-לחם הקדושה והמפוארת, ועל הקיר המערבי החיצוני היא העתיקה בפסיפס את הולדתו של ישו, עם אימו של האלוהים המחזיקה את התינוק מעניק החיים ל חזה והערצתם של המאגים נותני המתנות. כאשר הפרסים חסרי האל השתיתו את כל הערים ברומניה[4] ובסוריה ושרפה לאפר את העיר הקדושה ירושלים... הם באו לעיירה הקדושה בית-לחם, וכאשר הם הביטו בדמויותיהם של בני ארצם, כלומר של המאגים הפרסים המיומנים באסטרונומיה, הם כיבדו את המתוארים כאילו הם היו חיים, ומתוך הערצה ואהבה אל אבותיהם, הם הותירו את הכנסייה ללא פגע וללא כל נזק...
בתקופת השלטון העות'מאני השליטה על כנסיית המולד, כמו גם על מקומות קדושים אחרים בארץ ישראל, היוותה מקור לחיכוך מתמיד בין הכנסיות השונות, ובייחוד בין הכנסייה הקתולית שזכתה לתמיכה של מדינות מערב אירופה ובראשן צרפת, והכנסייה היוונית-אורתודוקסית שזכתה לתמיכת רוסיה. השלטון העות'מאני נדרש שוב ושוב להתערב בנושא[5].
ב-1757 העביר הסולטאן מוסטפא השלישי את החזקה בכנסיית המולד מידי הקתולים ליוונים-אורתודוקסים, והתיר לקתולים רק להתפלל במקום.
ב-1847 נגנב כוכב הכסף שהוצב על ידי צליינים קתולים במאה ה-18 במערת המולד ובו נכתב בלטינית "כאן נולד ישוע הנוצרי לבתולה מרים". התקרית גרמה לחילופי האשמות בין הקתולים ליוונים-אורתודוקסים, שהתפתחו לכדי מחלוקת מחודשת על השליטה בכנסייה ובשאר המקומות הקדושים לנוצרים בארץ שסיבכה את השלטונות העות'מאנים בהבטחות סותרות לצרפתים ולרוסים.
בפברואר 1852 הם העניקו לצרפתים את הצהרת הסטטוס קוו שקבעה שהמצב יוחזר לזה ששרר לפני 1757, ולקראת חג המולד באותה שנה תרם הסולטאן כוכב כסף מחודש שהוצב במקום על ידי הפטריארך הלטיני. מורת הרוח של הרוסים מהתנהגות השלטון העות'מאני בסוגיה הייתה אחת העילות לפרוץ מלחמת קרים ב-1853.
באפריל 2002, במהלך האינתיפדה השנייה, התבצרו בכנסייה 50 פלסטינים חמושים ברובי סער ובמטעני חבלה. הקבוצה, שבראשה עמד הקולונל עבדאללה דאוד[7], ראש המודיעין הפלסטיני בבית לחם, לקחה כבני ערובה את 46 הכמרים ששהו בכנסייה וכמאתיים אזרחים נוספים, בהם נערים וילדים. בשל חשיבותו הדתית של המבנה כוחות צה"ל לא פרצו אליו, אולם מנעו הכנסת מזון. המצור נמשך 39 ימים, במהלכו הציתו החוטפים חלקים מקודשים במתחם הכנסייה. בנוסף, לפי עדות כמרים שהוחזקו במקום, החוטפים גנבו איקונות ומנורות יקרי ערך והשתמשו בדפים של ספרי קודש של הכנסייה כבנייר טואלט[8]. באותם ימים גם ניסו רבים מבני הערובה להימלט מהמבנה. חלק מהחמושים נורו על ידי צלפים של צה"ל.
ב-9 במאי, לאחר משא ומתן ממושך, הוסכם כי המבוקשים החמושים יועברו לקפריסין או לעזה בתמורה לשחרור בני הערובה. החמושים השאירו בכנסייה 40 מטעני חבלה פעילים. לבקשת הכמורה בכנסייה, צה"ל איתר ופירק את כל המטענים[8].
לאחר האינתיפאדה השנייה
ב-2012 הוכרזה הכנסייה כאתר מורשת עולמית של אונסק"ו, האתר הראשון בתחומי הרשות הפלסטינית, והוכללה ברשימת האתרים בסיכון בשל נזקים הנגרמים מדליפות מים. בשנת 2017 עברה הכנסייה שיפוץ, יותר מ-500 שנה לאחר השיפוץ שקדם לו. במהלך השיפוץ התגלה, מתחת לשכבות טיח, פסיפס ובו דמות של מלאך מרחף[9]. ב-2019 היא הוסרה מרשימת האתרים בסיכון בעקבות עבודות שימור שנעשו בשנים מאז ההכרזה הראשונית[1].
מבנה הכנסייה
כנסיית המולד בבית לחם נבנתה כבזיליקה ובה חמישה אולמות אורך[10]. בצמוד לבזיליקה הוקם מבנה מתומן גדול סביב מערת המולד של ישו. טיפוס אדריכלי כזה, המשלב מבנה בזיליקה עם מבנה מרכזני, קיים גם בכנסיית הקבר בירושלים. הארכיטקטורה הייחודית הזו, אשר התפתחה בארץ ישראל עבור כנסיות עולי-הרגל, איפשרה לכנסייה לשמש להתכנסות קהל גדול של צליינים, המבקש להתקרב אל המערה, לצד קיום הליטורגיקה המסורתית של הפולחן הנוצרי. בתקופתו של יוסטיניאנוס הראשון, שונה מבנה הכנסייה מן היסוד ובמקום המבנה המשולב הוקם טרנספט ואפסיס גדול ומערת המולד שולבה בבזיליקה עצמה. בתקופת הצלבנית נבנתה ליד כנסיית המולד מבנה כנסייה נוסף הנקרא כנסיית קתרינה הקדושה.
מתחם הכנסייה מקיף כ-12,000 מטרים מרובעים. לבד מכנסיית המולד ומכנסיית קתרינה הקדושה הוא מכיל גם מבני מנזרים של העדות השונות המחזיקות בכנסייה. הכניסה אל הכנסייה היא דרך דלת קטנה שרוחבה 78 ס"מ וגובהה 130 ס"מ. היא מכונה "דלת הענווה" (Door of Humility) כיוון שהיא מצריכה מן המבקר בכנסייה להתכופף כדי לעבור בה. הכניסה המקורית לבזיליקה הייתה בעלת פתח מרכזי וכניסות צדדיות אשר כוסו החל מן המאה ה-16. לדלת הכנסייה שלושה מפתחות, וכל אחד מהם נמצא ברשות עדה אחרת המחזיקה בכנסייה. שתי כניסות נוספות מוליכות אל מנזר פרנציסקני בצד הצפוני של הכנסייה, ואל מנזר יווני בצידה הדרומי של הכנסייה.
המערה, אליה מוליכות מדרגות, מעוטרת בלוחות שיש ובכוכב המאזכר את הופעת הכוכב בברית החדשה[11]. מעל המזבח ישנו פסיפס המציג את התגלות המלאך לרועים ובשורתו על לידת ישו.
^ראו: Lyn Rodley, Byzantine Art and Architecture, Cambridge University Press, 1994, p. 40
^"... והנה הכוכב אשר-ראו במזרח דרך לפניהם עד בואו אל-מקום אשר-שם הילד ויעמד ממעל לו: ויראו את-הכוכב וישמחו שמחה גדולה עד-מאוד" (הבשורה על-פי מתי, ב, 9-10).