בזיכרונותיו כתב רטיסבון כי בינואר1861 התהלך על מרפסת בעין כרם, התפלל למריה וביקש ממנה שתוביל אותו למקום הנכון. באותה עת עמדה קשת בשמים, אשר נעה ממקומה והתייצבה מעל שדה פתוח בראש הגבעה. רטיסבון ראה בדבר סימן, והחליט לרכוש את המקום. ביוני באותה שנה נחתם חוזה הקנייה של אדמות המקום בין רטיסבון ובין בעלי הקרקע, וב־1865 נחנך בית היתומות. במקביל נפתחו במקום גם מרפאה ובית ספר לבנים ולבנות, ששימשו את יושבי הכפר. בית הספר פעל כמעט מאה שנה, במהלך מלחמת העצמאות נטשו תושבי עין כרם הערבים את הכפר.
הכנסייה
כנסיית 'האחיות ציון', העומדת בנקודה הגבוהה ביותר במתחם, נבנתה בשנת 1884 בצמוד לבית היתומות החדש (להלן). בניגוד לרוב הכנסיות הקתוליות בעולם, עשוי פנים הכנסייה בקו נקי ופשוט, וספסלי העץ מקנים לה אווירה של קפֶּלת כפר נעימה. כראוי לכנסייה קתולית, מוצגות 14 תחנות דרך הייסורים על קירותיה, אלא שכאן התיאור מופיע על שני פאנלים המעוצבים בסגנון מודרני. את הפאנלים עיצבה מוד פרידלנד, אמנית יהודייה שהתגוררה בעין כרם בשנות ה-60 של המאה ה-20, והייתה מיודדת עם הנזירות. הכנסייה נעדרת תאי וידוי, שכן בניגוד לכנסיות קתוליות שבהן הווידוי נערך דרך שבכה המפרידה בין המתוודה ובין הכומר, כאן הוא נערך פנים אל פנים. הבדלים משמעותיים אלה מבטאים מהפך תאולוגי שעבר מסדר האחיות ציון מאז מלחמת העולם השנייה, דבר המתבטא גם ביחסם לבני דתות אחרות ובעיקר ליהודים - יחס מקבל ומכבד, ונטול אופי מיסיונרי.
מהפך תאולוגי המתבטא במראה הכנסייה בראשית המאה ה-20 (מימין) וב-2008
בקירות הפּרֶסבִּיטֵריוּם (במה מוגבהת עליה עומד המזבח) ישנם רק שני ויטראז'ים, המציגים זה מול זה את משה ואליהו הנביא. ישנו קשר הדוק בין השניים, אשר מופיע בכתובים, למשל בספר מלאכי:
ומקץ ששת ימים לקח לו ישוע את פטרוס ואת יעקב ואת יוחנן אחיו ויעלם בדד על הר גבוה. וישתנה לעיניהם, ויזהרו פניו כשמש ובגדיו כאור הלבינו. והנה נראו אליהם משה ואליהו מדברים אתו.
בשנת 1861, בעקבות סכסוכים פוליטיים ודתיים, טבחו הדרוזים בסוריה ובלבנון בנוצרים המרונים, טבח שגרם למספר רב של יתומים. ארגוני סעד נוצריים ברחבי העולם פרסו חסותם על הנפגעים, ובהם מסדר 'האחיות ציון'. "שמועות על הטבח בנוצרים בדמשק ובמקומות אחרים בסוריה הגיעו לאוזנינו", כתב רטיסבון ביומנו, "מספר עצום של ילדים יתומים ונטושים הציפו את הדרכים. יצרנו קשר עם האחות גֶ'לָאז מביירות וביקשנו ממנה שתשלח אלינו כמה עשרות מילדים אלה". רטיסבון יצא למסע להצלת היתומים בלבנון ובנה להם בית בירושלים. ב־1865 נחנך בית היתומות בעין כרם בבניין קטן יחסית (היום - בית ההארחה) ואוכלס בחמישים ילדות ושמונה נזירות. ב־1881 כבר גרו במקום שישים ילדות ועשר נזירות. ב־1883 נחנך בניין גדול וחדש והיתומות עברו אליו. "אנחנו עמלים לגדל נשים מילָדות אומללות אלה", כתב רטיסבון, "אם המיסיון בירושלים הוא הכתר של מסדר "האחיות ציון", הרי שהענף בעין כרם הוא גולת הכותרת". עם התרחבות בית היתומות נאספו אליו יתומות ממקומות שונים ולא רק מלבנון, וכן יתומות מוסלמיות ויהודיות.
בצילום משנת 1870 נראה האב רטיסבון בחברת כמה מהיתומים בעין כרם. "הילדה הגדולה שלימיני היא נוצרייה מרונית מלבנון", תיאר, "מלפניה עומדת ילדה מקסימה מעזה. מעברי השני עומדת ילדה יוונית־אורתודוקסית בעלת עיניים שחורות. אני נותן יד לזֶלִי הקטנה שלי, יהודייה נחמדה מאוד. למרגלותיי ילדה מירושלים וילד שומרוני" (2 במרץ 1870). הצלת הילדים והטיפול בהם תפסו חלק נכבד מזמנו של רטיסבון, והוא כתב על כך ב־1876 ביומנו: "הדבר היפה ביותר שזיכני האל במסגרת עבודתי במסדר 'האחיות ציון' הוא האהבה והדאגה לילדים נטושים".
בית היתומות הוא מבנה דו-קומתי, ובחזיתו הצפונית אכסדרת עמודים נאה התומכת במרפסת. בצדו הדרומי של המבנה נראים עוגני מתיחה מעוצבים, שנועדו לחזק את התקרות בין הקומות. כיום משמש המבנה למגורי הנזירות וכבית הארחה.
בית רטיסבון
פינה בבית רטיסבון
במרכז המתחם שוכן ביתו הצנוע של רטיסבון, בו התארח לפחות פעם בשבוע (בשאר הזמן גר ב'בניין רטיסבון' שבמרכז ירושלים). הנזירה נעמי, מהראשונות במקום, סיפרה כי "שמר לעצמו רק דברים נחוצים ביותר. הוא היה קפדן מאוד בכל הקשור לסדר ולניקיון ונהג לקום מוקדם כל בוקר ולקרוא פרקי תפילה עד טקס המיסה היומי. לקראת הערב היה מקדיש שעה שלמה לתפילה, וכשלא היה בנסיעות, הסתובב ופיקח על הבנייה". דוקטור סָבָּדיני (Sabadini) שטיפל בו באחרית ימיו כתב: "הוא היה אדם מצוין, רוחני, בעל חסד, חריף ומשכיל מאוד. בצניעותו הרבה השתדל להישאר מאחורי הקלעים כמה שאפשר. הייתה לו נפש עמוקה ביותר, ובמבטו החודר קרא את נפשותיהם של אחרים". רטיסבון לעומת זאת כתב ביומנו: "אני ילד מפונק של הכנסייה, ובתור שכזה אני בלתי נסבל ולעיתים ממש נורא ואיום...".
בשנת 2000 הפכו הנזירות את הבית למוזיאון קטן המציג את קורות חייו של רטיסבון, החל משושלת משפחתו היהודית בשטרסבורג, דרך התנצרותו והקמת מוסדות 'האחיות ציון', ועד מותו בעין כרם בשנת 1884. במוזיאון מוצגות תמונות, וכן נראים פרטי ריהוט ולבוש שלו, כפי שנותרו מאז יום מותו: חדר האורחים, המיטה, המכתבה, בגדי הקודש וחפצים נוספים.
היכלית ה"מגניפיקט"
סמוך למבנה בית היתומות ניצבת היכלית (אֵדִיקוּלָה - מבנה קודש קטן) ובה פסל של מריה, אם ישו. ההיכלית פונה בקו ישר לביתו של רטיסבון, שכן הוא ביקש לראות את דמותה של מריה לנגד עיניו בכל פעם שייצא מפתח הבית. הכיתוב "מגניפיקט" (מרומם, מהולל) המופיע מתחת לפסל מתייחס לתפילת ההודיה שנשאה מריה בעת ביקורה בעין כרם אצל בת דודתה אלישבע, אמו של יוחנן המטביל:
...רוממה נפשי את ה' ותגל רוחי באלהי ישעי; אשר ראה בעני אמתו. כי הנה מעתה כל הדורות יאשרוני; כי גדולות עשה לי שַדָי, וקדוש שמו וחסדו לדור דורים על יראיו. גבורות עשה בזרעו, פזר גאים במזימות לבבם; הרס נדיבים מכיסאותם וירם שפילם, רעבים מִלא טוב ועשירים שִלח ריקם.
— הבשורה על-פי לוקאס, פרק א' פס' 46–53, תרגום דעליטש
ב־20 בינואר (התאריך בו התנצר) 1869 כתב רטיסבון בהתרגשות: "אני גר במרחק כה קצר מהמקום בו אמרה אלישבע למריה לפני 1800 שנה: "ומאין לי זאת אשר אֵם אדֹנִי באה אלי?" (הבשורה על-פי לוקאס א' 43).
שימוש מחודש נעשה בהיכלית על ידי הנזירות המקומיות לאחר מלחמת העצמאות: כאות הודיה למריה על ששרדו את המלחמה, חידשו הנזירות את הפסל וקבעו מתחתיו את התאריך 1947–1948.
בית ההארחה
כשעברו היתומות לבניין הגדול ב־1883 הפך ביתן הישן למגורי הסגל ולמכבסה. בתחילת שנות ה־50, ביזמתם של אנשי עסקים ישראלים מתל אביב, הפך המבנה לבית הארחה, והנזירות עברו לגור בבניין הגדול. בית ההארחה צנוע ופשוט והוא מכיל עד 45 אורחים. התריסים באכסניה יפים במיוחד: הם עשויים עץ וחקוקה בהם צורת לב.
בית הקברות
קבר רטיסבון
קברו של רטיסבון בבית הקברות
בצוואתו ביקש רטיסבון להיקבר בבית הקברות שבמנזר האחיות ציון, ואכן עם מותו ב־6 במאי1884 זכה להלוויה מפוארת, למצבת אבן בוהקת ולפסלה של מרים אם ישו הדורכת על נחש צפעוני למראשותיו. על כַּן האבן רשומות המילים בצרפתית: "הו מרים, זכרי את ילדך שנכבש באהבתך המתוקה והמהוללת". רטיסבון עצמו ביקש לפני מותו דווקא מצבה פשוטה וצנועה, שעליה תיכתב רק מילה אחת: Maria.
קברי הנזירות
רוב הקברים בבית הקברות הם של נזירות שפעלו במנזר במאה ה־20. קברים אלה, ובהם גם קברי נזירים, מרוכזים במחצית המערבית של בית הקברות, והם אחידים במראם ובגודלם. שם הנזירה ותאריך פטירתה מופיעים על גבי צלב קטן למראשות הקבר. בשנות ה־70 נוצרה צפיפות בבית הקברות והחלה "קבורה כפולה" בחלק מהקברים. דוגמאות לכך ניתן לראות בעיקר בפינה הדרום־מערבית של בית הקברות, שם כתובים שני שמות על חלק מהצלבים.
בקיר המערבי של בית הקברות משולבת נישה גבוהה ומסוגננת ובה רשימת שמותיהם של הנזירים והנזירות שפעלו ומתו במנזר מיום הקמתו. שמות הנזירים אינם כוללים שם משפחה, בדומה לכיתוב על גבי הקברים עצמם, שכן, על פי תקנון המנזר, הנזירים המשרתים בו הופכים לבני משפחה אחת. מול הנישה, על גבי משטח רבוע קטן, ניצבת גלוסקמה (ארון קבורה האופייני לתקופת בית שני).
קברים נוספים
שדרה המובילה אל בית הקברות
בחלקה הסמוכה לקברו של רטיסבון טמונים אנשים שונים, שלהם קשר קלוש למדי עם המנזר, ובכל זאת מסיבות שונות נקברו בבית קברות זה; רוב הטמונים בחלקה זו הם נזירים מ'בניין רטיסבון' שברחוב שמואל הנגיד. אלה נטמנו בתחילה בבית הקברות הסמוך למנזרם, אולם בעקבות עבודות שיפוץ שנערכו שם הועברו עצמותיהם לעין כרם.
בחלקו הדרום־מזרחי של בית הקברות ישנן שלוש מצבות כתובות עברית השייכות למריון רייך, סוניה (סופיה) גרינברג ורינה גפטמן. שלוש נשים אלו היו יהודיות שהמירו את דתן ובאו לגור בארץ הקודש. הן חברו לקהילות נוצריות בעיר העתיקה בירושלים, וכשנפטרו נטמנו בעיר כרם. לא פעם נראות אבנים על קברן, כמנהג היהודים, עדות לביקורו של מכר או קרוב יהודי.
קבר קטן בצד השביל מספר את סיפורו הטרגי של הילד יוחנן יעקב סכונפלד שנפטר ב־1969. יוחנן יעקב היה בנם של קוֹס ואֶלֶן סכונפלד, זוג פרוטסטנטים מהולנד שהתגורר משנת 1967 עד שנת 1980 ליד מתחם האחיות ציון. בנוסף לארבעת ילדיהם הביולוגיים, אמצו ההורים ארבעה ילדים נוספים - נוצרי קתולי ונוצרי אורתודוקסי וכן שני נוצרים ממוצא ערבי־ישראלי - והשתדלו לגדל כל אחד מהם על פי המסורת שלו, תוך יצירת אהבה ואחווה בין כולם. יוחנן יעקב נהרג בתאונה בגיל 8, ולבקשת המשפחה נטמן בבית הקברות במקום. לימים עקרה משפחת סכונפלד מעין כרם, ועתה היא מתגוררת בהולנד. אב המשפחה היה מעורב בדו־שיח בין־דתי במישור הישראלי ובמישור הבינלאומי.
