אפסיס (בלטינית: apsis, ביוונית: ἀψίς; בריבוי: אפסידים) הוא גומחה, לרוב חצי מעגלית, השוכנת בקיר המזרחי בכנסיות קלאסיות, בעיקר באלו הבנויות בצורת בזיליקה. לרוב ימוקם המזבח המרכזי באפסיס, עליו עורך הכומר את טקס התפילה ("ליטורגיה" אצל האורתודוקסים ו"מיסה" אצל הקתולים).
משמעות המילה אפסיס ביוונית היא "קשת". כנסיות נוצריות עתיקות נטלו את מודל האפסיס מהבזיליקה הרומית. ניתן למצוא כנסיות חד אפסידיאליות ותלת אפסידיאליות. במקרה של כנסייה תלת אפסידיאלית לרוב באפסיס המרכזי ימוקם המזבח המרכזי ובאפסידות הצדדיות מזבחות משניים. בשל חשיבותו וקדושתו של האפסיס ישנה הקפדה רבה בקישוטו, דבר הבא לידי ביטוי בויטראז', פסיפס, ציור, פיסול, תבליטים ועוד.
לעיתים תימצא מתחת לאפסיס קומת מרתף או מערה, בה טמונים החפצים או השרידים הקדושים. לעיתים ימצא שם גם קבר של קדוש.
