הנציבות מתפקדת כממשלה ביצועית, כלומר אינה עוסקת בקביעת מדיניות-העל של האיחוד האירופי אלא מיישמת את ההחלטות שמתווה המועצה האירופית (המורכבת ממנהיגי מדינות האיחוד). עם זאת, לחבריה יש סמכויות ביצועיות נרחבות. לפיכך, מצויה הנציבות במצב ביניים בין ממשלה ריבונית (כמו במשטר פרלמנטרי) לבין ממשלה במשטר נשיאותי (למשל ממשלת צרפת).
הנציבות אמונה על העדפת האינטרסים של האיחוד האירופי על פני האינטרסים של המדינות החברות באיחוד. כך, הנציבים אינם רשאים לקבל הוראה כלשהי מממשלותיהם (שהן אלה שמינו אותם לתפקידם), וכאשר הם נדרשים להצביע על הצעות שונות בתוך הנציבות, הם עורכים הצבעה חשאית.
הנציבות משמשת כמעין ממשלה, ותפקודה כפוף לביקורת הפרלמנט האירופי, הרשאי להצביע אי אמון קולקטיבי נגד הנציבות כולה וכך לגרום לפיטוריה. כמו כן, בית הדין של הקהילה רשאי לכפות את התפטרותו של נציב אשר מעל בתפקידו או שהפסיק להיות כשיר לתפקיד.
אחד מחברי הנציבות משמש כנשיאה. נשיא הנציבות ממונה על ידי המועצה האירופית באישור הפרלמנט האירופי לכהונה בת 5 שנים, עם אפשרות הארכה אחת לכהונה נוספת בת 5 שנים. נשיאת הנציבות הנוכחית היא אורסולה פון דר ליין. הנשיא רשאי למנות לו סגנים לפי שיקול דעתו, ובדרך כלל יש כמה סגני נשיא בנציבות. הנציג העליון, לעומת זאת, הוא סגן נשיא מכוח תפקידו מרגע שאושר על ידי הפרלמנט. מבין סגני הנשיא, לרבות הנציג העליון, ממנה הנשיא "סגן נשיא ראשון" שמשמש כממלא מקומו בעת היעדרותו.
יתר חברי הנציבות נקראים "נציבים", וכל אחד מהם מחזיק בתיק ממשלתי, בדומה לשרים. הנציבים ממונים על ידי ממשלות המדינות החברות באיחוד, אך חלוקת התיקים הממשלתיים היא בסמכות הנשיא, ולכן בדרך כלל כל ממשלה ממנה נציב בתיאום עם נשיא הנציבות. הנציבות כולה זקוקה לאישור הפרלמנט האירופי כדי לפעול, ולשם כך נערכים בפרלמנט שימועים לנציבים-המיועדים.
רשימת התיקים של הנציבים היא דינמית, ומשתנה עם השנים ובפרט עם הצטרפותן של מדינות חדשות לאיחוד - דבר הדורש את הרחבת חברי הנציבות.
רשימת התיקים נכון להיום היא:
נשיא הנציבות
סגן נשיא ראשון
סגן הנשיא לאיחוד האנרגיה
סגנית הנשיא למדיניות חוץ וביטחון
סגנית הנשיא לתקציב ומשאבי אנוש
סגן הנשיא לענייני תעסוקה, צמיחה כלכלית, השקעות ותחרותיות
סגן הנשיא למטבע האירו ודיאלוג חברתי
סגן הנשיא לשוק הדיגיטלי המשותף
הנציב לענייני מדיניות אזורית
הנציב לענייני מסחר
הנציב לענייני שיתוף פעולה בינלאומי, תגובת סיוע ומשבר הומניטריים
הנציב לענייני חינוך, תרבות, מדיניות לשוניות ונוער
הנציב לענייני התרחבות ומדיניות כלפי השכנות
הנציב לענייני אקלים ואנרגיה
הנציב לענייני תחבורה
הנציב לעניינים כלכליים ומוניטריים
הנציב לענייני תעסוקה, שירותים חברתיים, וניידות מקצועית
הנציבות האירופית, היא למעשה הכוח הביצועי הראשי של האיחוד, והנציבות מתפקדת כמעין ממשלה של האיחוד. בנציבות מועסקים כעשרים אלף עובדים, בעיקר בבריסל ובלוקסמבורג. הנציבות מחולקת למשרדים ממשלתיים שונים (Directorate-General) כגון חקלאות, תרבות וחינוך, בדומה לחלוקה הנהוגה בממשלות של מדינות לאום מודרניות.
חקיקה
מבין שלושת חלקי הרשות המחוקקת של האיחוד, המורכבת מהנציבות, מהפרלמנט האירופי (הבית התחתון) וממועצת האיחוד האירופי (הבית העליון), הנציבות היא יוזמת החקיקה העיקרית. לעומתה, למועצה יש סמכויות מצומצמות להצעת חקיקה, ואילו הפרלמנט אינו רשאי ליזום חקיקה כלל. על-פי רוב, הצעת חוק מגיעה מן הנציבות האירופית, והוא מאושר רק לאחר שמושגת הסכמת הפרלמנט והמועצה.
הנציבות האירופית מהווה גוף פוליטי ביצועי בן-כלאיים המשלב בו זמנית סמכויות של חקיקה, ביצוע ואף פיקוח במסגרת האיחוד האירופי. ככזו, הנציבות אמורה ליזום חקיקה למועצה ולפרלמנט ואף להיות אחראית ליישומה. תפקידה המרכזי של הנציבות הוא הצעת הצעות חקיקה והצעותיה הן שמקדמות את פעילות מוסדות האיחוד. להצעות אלה ישנה חשיבות רבה כיוון שאישורן הסופי משמען קבלת חוקים חדשים באיחוד אשר מחייבים את כל המדינות החברות. ברגע שמתקבלת החלטה להעביר תחום מסוים לסמכות חקיקה של הנציבות ומוסדות האיחוד, המדינות מפסיקות לחוקק באותו תחום באופן עצמאי. לפיכך, כל מדינה שמצטרפת לאיחוד מקבלת על עצמה את חוקי הקהילה האירופית ומשנה את החקיקה שלה בהתאם.
אכיפה
תפקיד נוסף המוטל על הנציבות הוא אכיפת החקיקה על המדינות. הנציבות מפקחת על יישום החוקים במדינות ובידה הסמכות לתבוע מדינה שמפרה את החוק בפני בית המשפט של האיחוד. בפועל, רמת הציות למשפט האיחוד ולחוקיו היא גבוהה. סמכות הפיקוח של הנציבות האירופית באה לידי ביטוי במתן כוח לנציבות להגיש תובענה לבית הדין האירופי לצדק, כנגד כל מדינה החברה באיחוד האירופי, אשר הפרה הוראה הכתובה באחת האמנות או כל דין אחר של האיחוד האירופי.
ביקורת
על הנציבות נמתחת ביקורת נוקבת מעת לעת בטענה שמדובר בנציבים שמונו בהמלצת הממשלות של המדינות החברות, ואשר קיבלו את אישור הפרלמנט האירופי, מבלי שעמדו לבחירה דמוקרטית.