שושן היא אחד מהיישובים העתיקים ביותר באזור ובעולם. ישנן ראיות להתיישבות באתר הארכאולוגי צ'וגה מיש כ-8,800 שנה לפני זמננו, ולתרבות שידעה לצייר על חרס באלף ה-5 לפנה"ס. שושן הייתה עיר הבירה של עילם. היא נכבשה על ידי המלך סרגון והייתה לעיר מחוז אכדית בשנים 2330 עד 2240 לפני הספירה. לאחר מכן נכבשה על ידי השומרים, עד לנפילת האימפריה השומרית בידי העילמים בשנת 2004 לפנה"ס לערך. אז חזרה שושן להיות בירת עילם. במחצית המאה ה-12 לפנה"ס נכבשה בבל הכשית על ידי העילמים. הם הביאו איתם לשושן כשלל את הלוחות המקוריים שעליהם כתובים חוקי חמורבי; לוחות אלה נמצאו בשושן בשנת 1901.
האשורים, תחת המלך אשורבניפל, הרסו את שושן בשנת 647 לפנה"ס, במהלך מלחמה. הרס העיר מתועד בלוח שנחשף בנינוה, בירת אשור. בשנת 538 לפנה"ס כבש המלך הפרסי כורש את שושן. כנבוזי השני, בנו, העביר את בירת הממלכה הפרסית לשושן. עם נפילת הממלכה הפרסית בידי אלכסנדר מוקדון בשנת 331 לפנה"ס, איבדה העיר את חשיבותה. לאחר אלכסנדר, הייתה העיר לחלק מהממלכה הסלאוקית, ושמה שונה לסלואקיה.
כמאה שנים לאחר מכן הצליחו הפרתים להשתחרר מהשלטון הסלאוקי; שושן הייתה לבירת החורף של הממלכה הפרתית החדשה.
שושן נהרסה לפחות שלוש פעמים במהלך ההיסטוריה שלה: בפעם הראשונה ב-647 לפנה"ס על ידי האשורים; בפעם השנייה, ב-638 לספירה, כשהצבאות המוסלמים כבשו את פרס לראשונה; ובפעם השלישית, בשנת 1218 לספירה, על ידי הכובשים המונגולים. העיר העתיקה נעזבה באופן הדרגתי לאחר מכן.
כיום נמצאת במקום עיר המחוז האיראנית שוש, המונה כ-62 אלף תושבים.
שושן היא גם מקום ההתרחשות של המחזה היווני "הפרסים", מאת אייסכילוס.
עשר פעמים מופיע הביטוי שושן הבירה במגילת אסתר, וכן בספר דניאל (ח, ב) ובנחמיה (א, א). שושן הבירה הייתה חלק מן העיר שושן. המילה בירה מקורה בארמית - "בירתא" שפירושה מצודה, שבה שכן ארמון המלך.
בכל מקום שתמצא במגילה את הביטוי "בשושן הבירה", הכּוָנה לארמון המלך... כי לשון הבירה הוא ארמון, והארמון הזה ששמו שושן היה בתוך עילם המדינה וכן כתוב בספר דניאל (ח ,ב): ואני בשושן הבירה אשר בעילם המדינה. וכשתמצא במגילה זו שושן סתם, או העיר שושן, הכּוָנה על שם מדינה ששמה שושן שהייתה קרובה לעילם... רוב אנשי העיר שבשושן היו ישראל, אבל בשושן הבירה הוא ארמון המלך, לא היו שם ישראל כלל אלא מרדכי
בקרב יהודי איראן יש המזהים את העיר אחמתא כשושן המקראית, אך הזיהוי איננו מקובל במחקר.[1]
