בשנת תרמ"ח (1888) ניגש רבינוביץ למפעל חייו, תרגום לעברית של חיבורו של צבי גרץ "דברי ימי ישראל". הכרך הראשון מהתרגום נעשה מספר ההיסטוריה של גרץ לעם ואילו שאר הכרכים מההוצאה הגדולה, בהשמטות ובהוספות. רבינוביץ' לא תרגם את הכרך האחרון, כמו גם את הפרק על צמיחת הנצרות, אותם תרגם אחר כך י. א. טריווש.[2] גרץ סמך ידו על תרגום רבינוביץ, ואפשר לו להוסיף משלו ולהשמיט קטעים שעלולים לפגוע בקוראים דתיים או קטעים שהצנזורה הרוסית לא הייתה מרשה לפרסם.
בחודש חשוון תרמ"ח (1888) פתח שפ"ר בוורשה, ברחוב פאוויה 16, בית ספר עברי לבנים בשם "תורה ותעודה". בית הספר נועד לילדים בגיל 7 - 12, ונועד להכשיר את הילדים ללימודים בגמנסיה. בבית הספר הייתה תוכנית לימודים עשירה ולמדו בו לימודי קודש, עברית, רוסית, שפות זרות, חשבון, גאוגרפיה, לימודי הטבע, היסטוריה כללית והיסטוריה של עם ישראל.[3]
שאול פינחס ראבינאוויץ, מוצאי גולה: זכרונות נדודי הגולים מספרד ופורטוגל בדורות הראשונים אחרי הגרוש, גורלם ומעמדם החמרי והמוסרי בארצות אשר נתישבו שם, וזכרונות גדולי העם וחכמיו: ספר זיכרון למלאת ארבע מאות שנה לגלות ספרד ופורטוגליה בשנת רנ"ב-נ"ז, ורשה: אחיאסף, תרנ"ד-1894.
שאול פינחס ראבינאוויץ, ר’ יום טוב ליפמאן צונץ : חייו, זמנו וספריו, ורשה: אחיאסף, תרנ"ז-1896.
שאול פינחס ראבינאוויץ (עורך), לוית-חן: קבצת מאמרים בחקר קדמוניות. שיר ומליצה מסופרי זמננו, ורשה: י.י. הורוויץ, תרמ"ז-1887.
שאול פינחס ראבינאוויץ (שפ"ר), על ציון ועל מקראיה: שימת עין על דברי ימי התנועה הציונית, ורשה: אחיאסף, תרנ"ח-1898.
שאול פינחס ראבינאוויץ (שפ"ר), רבי יוסף איש רוסהים: חיי השתדלן הגדול רבי יוסף יוזילמן לואנץ ומפעליו הכבירים לכנסיות ישראל במדינות גרמניה (חבר על פי מקורים רבים נדפסים וכתבי יד), ורשה: תושיה, תרס"ב-1902.
ש. פ. רבינוביץ, עקבות של חופש-דעות ברבנות של פולין במאה הט"ז, ירושלים: האוניברסיטה העברית, החוג להיסטוריה של עם ישראל, תשי"ט.
תרגום
צבי גראטץ, ספר דברי ימי ישראל: מיום היות ישראל לעם עד ימי הדור האחרון (תרגום, הערות והארות, חדושים ומלואים: שאול פינחס ראבינאוויץ), ורשה: י. אלאפין, תרנ"א.