המדרשה הוקמה בה'תשמ"ו (1986) ביוזמת בנות שחפצו במסלול משימתי-תורני לאחר התיכון, בדומה למכינות של הבנים הדתיים ובמתכונת לימודים דומה לזו של תלמידי ישיבות ההסדר בעת שהותם בישיבה. בתחילה שכנה המדרשה בשדה אליהו ולאחר כמה שנים עברה לעין הנצי"ב. הלימודים מיועדים לנשים צעירות המעונינות לגבש את זהותן הדתית ומחויבותן להלכה תוך לימוד מעמיק. במסגרת הלימודים מתגוררות הלומדות בפנימייה ובנוסף ללמודים מתנדבות גם בעבודה קהילתית ביישובי הסביבה.
במדרשה שישה מסלולי לימוד:
תוכנית יובל – תוכנית שנתית לפני שירות צבאי או שירות לאומי, או אחריו.
תוכנית מעיין – שילוב של לימודים במדרשה ושירות צבאי בגרעין. מיועד לבוגרות תיכון.
תוכנית שנת ב' – תוכנית המיועדת לבוגרות שנת מדרשת או שנת מכינה. נמשכת 7 חודשים.
תוכנית לתלמידות חו"ל – תלמידות חו"ל הבאות לשנת לימודים בישראל, בדרך כלל לאחר סיום התיכון.
תוכנית בוגרות שירות – תוכנית עבור מסיימות צבא או שירות לאומי.
תוכנית אלול לבוגרות שירות – תוכנית הנערכת במהלך חודש אלול ומציעה הכנה לקראת הימים הנוראים והכנה לקראת החיים שלאחר השירות.
בראש המדרשה עמד עד שנת התשס"ה הרב ד"ר אלי כאהן שנפטר בכ"ב באלול תשס"ח (22.9.2008). עקב מחלתו החליף אותו הרב יצחק בן פזי. בשנת התשס"ט מונה לתפקיד הרב אביה רוזן. בשנת התשע"ג הוחלף הרב רוזן ברב יצחק בן דוד. בשנת התשע"ח פרש הרב יצחק מראשות המדרשה והחליפה אותו הרבנית ד"ר אסתר פישר.
