La Fédération de football association de la CEI est créée le en remplacement de la Fédération de football d'URSS disparue le afin que l'équipe d'ex-URSS puisse, sous une nouvelle bannière, terminer la saison en cours et disputer l'Euro. La FIFA officialise l'opération le . Seules l'Estonie, la Lettonie et la Lituanie ne faisaient pas partie de la CEI.
Durant sa courte existence, l'équipe ne connait qu'un seul entraîneur : Anatoli Bychovets. La principale raison d'être de l'équipe de la CEI était d'assurer l'intérim jusqu'en juin en participant au Championnat d'Europe 1992, pour lequel l'équipe d'Union soviétique s'était qualifiée, alors que les nations nouvellement indépendantes issues de l'URSS préparaient déjà la mise sur pied de leur propre équipe. Lors de ce tournoi européen, la CEI ne parvient pas à s'imposer et finit dernière de sa poule avec deux points. Disputé le , le match de la dernière journée du premier tour signe la fin de l'équipe de la CEI, et par extension la fin véritable de celle d'URSS, sévèrement battue par l'Écosse (3-0).
L'équipe de la CEI est chronologiquement la quatrième équipe officielle à représenter le territoire russe après celles de l'Empire russe (1911-1914), de RSFSR (1923) et d'URSS (1924-1991).
