Malgré des critiques globalement positives dans la presse, le film est un échec commercial. Silence obtient cependant plusieurs distinctions dont une nomination à l'Oscar de la meilleure photographie.
Pour s'introduire au Japon, les deux jésuites s'adjoignent les services de Kichijiro, chrétien japonais qui a fui le Japon afin d'échapper aux persécutions dont les chrétiens font l'objet sur sa terre natale. Il accepte d'aider les religieux afin de rentrer chez lui. Ils arrivent dans le petit village de Tomogi, où ils sont chaleureusement accueillis par les habitants, qui doivent se cacher pour pratiquer leur foi catholique, alors qu'une sévère inquisition menée par un certain Inoue sévit et traque la moindre trace de christianisme. Rodrigues et Garupe doivent se cacher dans une petite hutte mais, à la faveur d'une sortie à la lumière du soleil pour briser leur enfermement, ils sont repérés par deux villageois originaires de Goto, où vit également une communauté chrétienne.
Rodrigues se rend à Goto où il est accueilli avec autant d'enthousiasme, sinon plus, qu'à Tomogi. Il y retrouve Kichijiro, qui est originaire de ce village et qui lui raconte les circonstances de son exil : contrairement au reste de sa famille, il a abjuré sa foi en acceptant de piétiner une image de Jésus (un fumi-e). Il a ensuite vu ses proches être brûlés vifs par les hommes d'Inoue. Acceptant sa confession, Rodrigues lui donne l'absolution avant de retourner à Tomogi.
Une mauvaise nouvelle l'y attend. L'inquisition a fait irruption à Tomogi et fait prisonnier le chef de la communauté. Les meneurs donnent trois jours aux villageois pour dénoncer les catholiques ainsi que les prêtres : passé ce délai, ils s'empareront de quatre otages, dont le chef de la communauté de Tomogi. Après une altercation et de vigoureux débats, Kichijiro accepte de se constituer volontairement otage avec d'autres villageois. Rodrigues conseille cependant aux villageois d'accepter de piétiner les images religieuses, car cela n'entamera en rien leur vraie foi et que Dieu saura ce qu'il en est réellement. Lorsque l'inquisition revient, les otages piétinent l'image, mais ne peuvent se résoudre à l'humiliation supplémentaire (cracher sur une croix de bois et insulter la Vierge Marie) sauf Kichijiro. Les trois autres otages sont condamnés à mort et crucifiés face à la marée montante. Leurs corps sont incinérés et leurs restes dispersés à la mer pour qu'on ne puisse les inhumer selon les sacrements catholiques.
Pour plus de sécurité, les deux pères décident de se séparer et de quitter Tomogi. Rodrigues retourne à Goto, mais le village a été entièrement dévasté. Il erre seul un long moment avant de croiser à nouveau la route de Kichijiro, qui se confesse à nouveau auprès de lui. Cependant, Kichijiro finit par trahir Rodrigues et le livre aux hommes de l'inquisition. Ces derniers lui expliquent que sa religion n'est pas la bienvenue au Japon et que les chrétiens continueront à souffrir tant que Rodrigues n'aura pas abjuré sa foi. Rodrigues est ensuite emmené à Nagasaki, où il est emprisonné après avoir été auditionné par un conseil d'inquisiteurs. Kichijiro s'introduit dans les lieux et y est emprisonné à son tour ; il demande à nouveau à Rodrigues de l'absoudre, ce que ce dernier fait non sans dégoût. Plus tard, Kichijiro est relâché après avoir accepté de marcher sur un fumi-e ; alors qu'un autre prisonnier, ayant refusé de le faire, est décapité, à la grande horreur de Rodrigues, qui a de plus en plus de mal à comprendre le silence de Dieu devant ces atrocités. La détresse de Rodrigues est encore aggravée lorsqu'on l'emmène voir l'exécution par noyade de quatre autres chrétiens ainsi que d'un Garupe affamé qui refuse d'apostasier et se noie à son tour en tentant vainement de porter secours à une jeune suppliciée.
Rodrigues est ensuite emmené dans un templebouddhiste, où il rencontre le père Ferreira, désormais connu sous le nom de Sawano Chuan. Ce dernier lui explique qu'il a abjuré sous la torture et qu'il a compris, après quinze ans de travail, que la foi catholique ne pouvait s'enraciner au Japon, et que les chrétiens que Rodrigues a rencontrés, s'ils pensent suivre toutes les exigences de la religion chrétienne, le font encore avec des conceptions religieuses japonaises (en identifiant Dieu au Soleil, par exemple). Rodrigues refuse les explications de Ferreira et soutient que la foi des Chrétiens de Tomogi et Goto était réelle et profonde, mais quelque temps plus tard, alors que Rodrigues ne supporte plus les cris de cinq autres Chrétiens torturés en étant saignés et pendus par les pieds, on lui demande à nouveau de renier sa religion pour mettre fin à leurs souffrances. Rodrigues, devant le fumi-e qu'on lui présente, entend la voix de Jésus lui intimer de céder aux demandes des inquisiteurs, ce qu'il fait.
La fin du film est racontée par le marchand hollandais Dieter Albrecht. Ferreira et Rodrigues, surnommés les « prêtres perdus », inspectent à Dejima les cargaisons de navires étrangers à la recherche de tout objet pouvant être assimilé au christianisme : symboles de croix, images religieuses... Rodrigues prend le nom, l'épouse et l'enfant d'Okada San'emon, un homme qui a été condamné à mort. Kichijiro est désormais un domestique. Il vient demander à Rodrigues de le confesser et de l'absoudre, mais Rodrigues refuse, prétendant n'être plus prêtre, bien que les deux hommes partagent une étreinte. Plus tard, lors d'une séance d'apostasie à laquelle Rodrigues doit régulièrement participer, une amulette contenant une image religieuse est trouvée au cou de Kichijiro, qui est arrêté et emmené par les autorités.
Rodrigues finit par mourir au Japon. Son corps est placé dans un cercueil traditionnel japonais afin d'être incinéré sous un nom bouddhiste signifiant « Perdu aux yeux de Dieu » de façon qu'il ne reçoive aucun sacrement chrétien. Cependant, on voit qu'il tient dans sa main, au moment de la crémation, le minuscule crucifix en bois que lui avait offert un des Chrétiens suppliciés de Tomogi, Mokichi, peut-être glissé là par son épouse ou tenu au moment de sa mort. Ce signe confirme que son attachement à la foi chrétienne a perduré.
Paravent - École Kano (art Nanban)- Japon vers 1603-1610. Représentation japonaise de la vie quotidienne de l'époque : église et jésuites.
Fiche technique
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Sociétés de production : Cappa Defina Productions, Cecchi Gori Pictures, Fábrica de Cine, SharpSword Films, Sikelia Productions, Verdi Productions, Emmett/Furla/Oasis Films et Waypoint Entertainment
En , la société de production Cecchi Gori Pictures de Vittorio Cecchi Gori poursuit Martin Scorsese en justice car, après de longues années de développement, il n'a toujours pas mis en scène le film. Scorsese devait concrétiser le projet après Kundun sorti en 1997 et devait verser des frais de compensation à Cecchi Gori Pictures en cas de report du projet[17].
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