Serge Toubiana rejoint les Cahiers du cinéma fin 1972 à l'occasion du numéro double 242-243. C'est le moment de la période maoïstemilitante. La parution n'est que trimestrielle, le tirage est confidentiel. Il rencontre le critique Serge Daney dont il reste proche jusqu'à sa mort en 1992. Les Cahiers créent un journal de 16 pages à l'intérieur, Toubiana en est le rédacteur en chef. En 1978, il gère les Éditions de l'étoile. Il est à l'origine du rapprochement temporaire entre les Cahiers du cinéma et Gallimard[6].
Quand Serge Daney quitte les Cahiers du cinéma pour Libération en , Toubiana devient rédacteur en chef de la revue. Son travail sera marqué par les numéros en hommage à Truffaut, les numéros Made in USA puis Made in Hong-Kong et Made in URSS[9].
Il annonce son départ de la Cinémathèque française en ; Frédéric Bonnaud lui succède en janvier de l'année suivante.
Il est élu président d'Unifrance, organisme de promotion du cinéma français à l'étranger, en , pour un mandat de deux ans. Réélu en 2019 pour un deuxième mandat, au cours duquel intervient une importante réforme de l'association : la fusion avec TV France International (association chargée de promouvoir l'audiovisuel à l'étranger). Il est réélu le 2 juillet 2021, en binôme avec Hervé Michel, pour un nouveau mandat de deux ans.
Il publie en 2022 ses souvenirs d'enfance en Tunisie, Le Fils de la maîtresse, qui remportent le prix Marcel-Pagnol[16],[17]. À propos de sa mère institutrice, il dit : « Je me suis rendu compte, […] que j’avais choisi le même métier qu’elle : en transmettant mon amour du cinéma, je me sens tel un instituteur du cinéma. Transmettre et partager, c’est aimer[16]. »
En 2021, Serge Toubiana crée le Fonds de dotation Vendredi soir en hommage à Emmanuèle Bernheim, dans le but de soutenir la création artistique et littéraire par l'attribution de six bourses annuelles.
Un comité est constitué pour sélectionner les lauréats de ces bourses : Nathalie Azoulai (romancière), Delphine Pineau (productrice de films), Alice d'Andigné (éditrice aux éditions Stock), Pascale Bernheim (historienne, présidente de l’association Musique et Spoliations[21]), Stéphane Corréard (galeriste), François de Ricqlès (commissaire-priseur). En 2022, Jacques Fansten (scénariste et réalisateur) et Noémie Yanez-Arrieta (Fonds de dotation Claude de Soria) rejoignent le jury[22].
Le 18 novembre 2022, les écrivains Dune Delhomme, Victor Jestin, Polina Panassenko et les artistes Emilie Girault, Jérémie Lenoir et Vasantha Yogananthan reçoivent chacun une bourse Emmanuèle-Bernheim d'une valeur de 10 000 €[25].
En novembre 2023, Téo Betin (sculpteur), Malik Jeannet (peintre), et Lionel Redon (arts décoratifs) sont lauréats de la bourse Emmanuèle-Bernheim[22].
Polémiques et prises de position
Gestion de la Cinémathèque
À la réouverture de la Cinémathèque française en 2005 dans le bâtiment de Frank Gehry à Bercy, Serge Toubiana externalise les services de l'accueil, confiés à une société d’intermittence. Le , soit le dernier jour de son activité en tant que directeur de l'institution, une lettre filmée d'une étudiante[26] et ex-employée dénonce les conditions de travail des personnels d'accueil de l'institution[27]. La vidéo, qui dénonce un management brutal et des emplois du temps ingérables, dépasse les 66 000 vues et déclenche des centaines de commentaires.
Le , il signe une pétition à la suite de l’arrestation par la police suisse de Polanski dans le cadre du mandat d’arrêt américain prononcé contre le cinéaste en 1978[28][source secondaire nécessaire]. Dans ce texte, il qualifie l’arrestation de Polanski de « traquenard », et l'agression sexuelle sur mineure « d’affaire de mœurs » et exige au nom de la liberté et de l’« amitié entre la France et les États-Unis » la remise en liberté immédiate du cinéaste.
↑Selon Mythologie politique du cinéma français, il employa ce terme lors de la sortie d'Un condé, désignant les films réactionnaires critiquant les institutions en place pour que la gauche accède au pouvoir.