Il part également pour une période en Europe, tout d'abord en Allemagne du côté de l'Energie Cottbus puis au Portugal au SC Beira-Mar. En 2005, il va évoluer pour la première fois en Argentine, jouant une saison chez les Newell's Old Boys. Après une saison, il rentre en Uruguay pour rejouer dans son premier club, le Central Español. Silva repart ensuite en Argentine pour évoluer dans le club du Gimnasia y Esgrima La Plata en 2006. Après trois ans au Gimnasia, l'attaquant uruguayen admet à la presse que son équipe a perdu un match exprès contre le Boca Juniors lors de l'Apertura 2006 pour éviter que l'éternel rival du Gimnasia, les Estudiantes de La Plata, ne prenne trop d'avance[3].
Silva rejoint le Club Atlético Vélez Sarsfield en 2007[4], puis sera prêté au Club Atlético Banfield en 2009. Il inscrit en tout 22 buts en 35 matchs pour le Banfield, faisant de lui le meilleur buteur de la Primera División Argentina lors de l'Apertura 2009 (avec 14 buts en 18 matchs)[5], dont deux lors de la victoire du derby contre le Club Atlético Lanús[6]. Silva aide donc Banfield à remporter son premier championnat d'Argentine de son histoire.
En , il est de retour de prêt à Vélez Sarsfield[7].
En , il signe à la Fiorentina. Le transfert est évalué à 1,8 M€.
En , il signe pour 3 ans à Boca Juniors. Le transfert est estimé à 1,7M$.
↑(es) Francisco Connio, « Santiago Silva jugará en Defensor Sporting », La República, (lire en ligne, consulté le )
↑(es) « Santiago Silva, Fernando Machado y Limberg Gutiérrez son los refuerzos », La República, (lire en ligne, consulté le )
↑(es) « Santiago Silva admitió haberse dejado ganar por amenazas de hinchas de Gimnasia y Esgrima La Plata », El Tiempo, (lire en ligne, consulté le )
↑(es) « Silva ya está en Vélez », La Razón, (lire en ligne, consulté le )