Par un décret de 1801, Napoléon Bonaparte, qui réside au palais des Tuileries, fait expulser les artistes et autres personnes qui résident au Louvre. Les maisons établies à l'intérieur de l'emprise du Louvre sont détruites. Les architectes Charles Percier et Pierre Fontaine sont chargés de la conduite des opérations et travaux à la fois aux Tuileries et au Louvre. Ils achèvent les façades de la cour. L'aile nord est prolongée du pavillon de Rohan au pavillon de Marsan qui devient le pavillon d'angle des Tuileries. Pour avoir une unité architecturale, on construit une réplique de la façade d'Androuet du Cerceau sur la galerie du bord de l'eau. Percier démissionnant en 1812, Fontaine reste l'architecte du Louvre jusqu'en 1848.
Le pavillon de Marsan se trouve à l'extrémité nord-ouest du palais du Louvre, faisant simultanément partie du palais des Tuileries, dont il était un des deux points de raccordement avec le pavillon de Flore au sud. Il a été détruit lors de l'incendie des Tuileries en 1871, puis reconstruit à partir de 1874. Le pavillon de Flore sert de modèle au pavillon de Marsan qui remplace celui de Le Vau. Le long de la rue de Rivoli, l'aile nord du Louvre double alors en largeur.
Depuis 1905, le pavillon de Marsan et les bâtiments attenants accueillent le musée des Arts décoratifs.