Les Partitiviridae sont une famille de virus de l'ordre des Durnavirales, qui comprend cinq genres et 60 espèces (dont 15 non assignées à un genre) acceptés par l'ICTV. Ce sont des virus à ARN à double brin[3] classés dans le groupe III de la classification Baltimore.
Les hôtes naturels de ces virus sont des espèces de champignons, de plantes et de protozoaires. Le nom « Partitiviridae » dérive du latin « partitius », qui signifie « divisé », en référence au génome segmenté des Partitivirus. La famille comprend 60 espèces qui sont rattachées à cinq genres ou pour certaines non attribuées à un genre[4],[5],[6].
Les virus de la famille des Partitiviridae, qu'ils infectent des champignons (virus fongiques) ou des plantes (virus végétaux), sont tous associés à des infections latentes de leurs hôtes respectifs, c'est-à-dire sans symptômes apparents.
On ne connaît aucun vecteur biologique naturel de ces virus[7].
Les virus fongiques sont transmis par voie intracellulaire lors de la division cellulaire et la sporogenèse (transmission verticale) ainsi qu'après une anastomose hyphale, c'est-à-dire une fusion cellulaire, entre des souches fongiques compatibles (transmission horizontale).
Les virus végétaux ne sont pas transmis horizontalement par greffage ou par d'autres moyens mécaniques, mais sont seulement transmis par les ovules ou le pollen à l'embryon de la graine (transmission verticale)[7].
Structure
Les virus de la famille des Partitiviridae sont des virus nus ( non enveloppés) à géométrie icosaédrique de type T = 1. Le diamètre est d'environ 35 à 40 nm[4],[5].
Génome
Génome de Atkinsonella hypoxylon virus (AhV) du genre Betapartitivirus.
Les Partitivirus ont des génomes à ARN bicaténaire (double brin) divisés en deux segments génomiques essentiels, ARNbc1 et ARNbc2, contenant chacun un gros cadre de lecture ouvert (ORF) sur le brin positif de la molécule d'ARN. Des segments d'ARNbc supplémentaires (satellites ou défectueux) peuvent également être présents. Les segments linéaires d'ARNbc sont encapsidés séparément. Le plus petit des deux segments du génome code généralement la protéine d'enveloppe (CP). Le plus gros segment code l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) associée au virion. Les génomes sont linéaires et mesurent environ 1,4 à 3,0 kb[4],[5].
Cycle biologique
La réplication virale est cytoplasmique. L'entrée dans la cellule-hôte est obtenue par pénétration dans la cellule-hôte. La réplication et la transcription suivent le modèle des virus à ARN double brin. Le virus quitte la cellule hôte par un déplacement de cellule à cellule. Les champignons et les plantes servent d'hôtes naturels[4],[5].
Les Cryspovirus infectent des protozoaires apicomplexiens du genre Cryptosporidium[8], tandis que les virus des autres genres infectent des plantes et des champignons.
Sur la base du gène de l'ARN polymérase, ce groupe peut être divisé en quatre clades (I-IV)[9]. Quatre isolats d'animaux et de protozoaires forment un cinquième clade. Les clades I à IV sont constitués de mélanges de séquences de type Partitivirus provenant de plantes et de champignons
Taxinomie
Cinq genres ont été reconnus au sein de la famille des Partitiviridae. Quinze autres espèces de cette famille ne sont affectées à aucun genre[4] :
↑(en) J. Tang, J. Pan, W.M. Havens, W.F. Ochoa, T. S.Y. Guu, S.A. Ghabrial et M.L. Nibert, « Backbone Trace of Partitivirus Capsid Protein from Electron Cryomicroscopy and Homology Modeling », Biophysical Journal, vol. 99, no 2, , p. 685–694 (DOI10.1016/j.bpj.2010.04.058, Bibcode2010BpJ....99..685T).
↑(en) EJ Vainio, S Chiba, SA Ghabrial, E Maiss, M Roossinck, S Sabanadzovic et N Suzuki, « ICTV Virus Taxonomy Profile: Partitiviridae », The Journal of General Virology, vol. 99, no 1, , p. 17–18 (DOI10.1099/jgv.0.000985).
↑ a et b(en) S.A.Ghabrial, W.F.Ochoa, T.S.Baker, M.L.Nibert, « Partitiviruses: General Features », dans Brian W.J. Mahy, Marc H.V. Van Regenmortel, Encyclopedia of Virology, Elsevier Ltd., , 3e éd., 3234 p. (ISBN978-0-12-374410-4), p. 68-75.
↑(en) Nibert ML, Woods KM, Upton SJ, Ghabrial SA, « Cryspovirus: a new genus of protozoan viruses in the family Partitiviridae », Arch. Virol., vol. 154, no 12, , p. 1959–1965.
↑(en) Liu H, Fu Y, Xie J, Cheng J, Ghabrial SA, Li G, Yi X, Jiang D, « Discovery of Novel dsRNA Viral Sequences by In Silico Cloning and Implications for Viral Diversity, Host Range and Evolution », PLoS One, vol. 7, no 7, , e42147.
