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À sa sortie de l'Université du Nouveau-Mexique, Michael Cooper est drafté en sixième position du troisième tour par les Lakers en 1978. Il sera fidèle à la franchise californienne tout au long de ses douze années de carrière.
À Los Angeles, il va participer à l'une des plus belles épopées de la NBA en remportant cinq fois le titre au côté de Magic Johnson et Kareem Abdul-Jabbar dans les années 1980. Très bon défenseur, il a été nommé 8 fois dans l'équipe des meilleurs défenseurs (5 fois dans le premier cinq et 3 fois dans le second)[1] et a reçu le titre de meilleur défenseur en 1987[2].
Il est, selon Larry Bird, le meilleur défenseur contre lequel il a joué[3].
À la fin de sa carrière de joueur, il assiste pendant 3 ans Jerry West, le GM (General Manager) des Lakers avant de rejoindre l'équipe des entraîneurs de Magic Johnson en mars 1994, toujours aux Lakers. Il reste malgré le changement d'entraîneur et l'arrivée de Del Harris (1994 à 1997).
En 1999, il devient l'entraîneur assistant de l'équipe des Sparks de Los Angeles, équipe de WNBA qui atteint pour la première fois de son histoire les play-offs. Puis, en , il est nommé entraîneur des Sparks. Un succès puisqu'il est élu entraîneur WNBA de l'année en 2000 et le club remporte le titre en 2001 et 2002 avant de s'incliner en finale l'année suivante contre les Shock de Détroit.
Pour la saison 2005-2006, il entraîne les Thunderbirds d'Albuquerque, équipe de la Ligue de développement de la NBA avec qui il remporte le championnat. En 2007, il retrouve la WNBA, reprenant la direction de son ancienne équipe des Sparks de Los Angeles. Après une première saison terminée sur un bilan négatif de dix victoires pour vingt-quatre défaites, il parvient à qualifier son équipe pour les play-offs en 2008, défaite lors du deuxième tour face aux Silver Stars de San Antonio après une phase régulière terminée avec vingt-quatre victoires et dix défaites. Le bilan est en baisse la saison suivante, dix-huit victoires pour seize défaites, les Sparks terminant leur saison par une défaite au deuxième tour face au Mercury de Phoenix[4].
Il rejoint alors le monde universitaire pour prendre la direction de l'équipe féminine des Trojans d'USC[5]. En 2013, après une saison avec un bilan négatif, onze victoires pour vingt défaites, il quitte ce poste. Sous sa direction, les Trojans atteignent la finale du Women's National Invitation Tournament (WNIT) en 2010-2011. Son bilan global est de soixante-douze victoires pour cinquante-sept défaites[6].
En , il est nommé au poste d'entraîneur de la franchise WNBA du Dream d'Atlanta[7]. Le , le Dream annonce que Karleen Thompson assurera l'intérim de Michael Cooper pour raisons médicales[8].
Après une saison 2017 avec seulement 12 victoires pour 22 défaites, il est remercié à la fin de la saison régulière. Son bilan total est de 63-73 qui lui permet d'accéder aux playoffs en 2014 et 2016[9].
