Thibault quitte les Lakers pour les Bulls de Chicago en 1982 occupant alors les mêmes fonctions qu'aux Lakers; sous les ordres de Thibault, l'équipe sélectionne lors de la draft Michael Jordan, mais aussi Charles Oakley et acquiert John Paxson, ces joueurs contribuant aux six titres de champions NBA des Bulls entre 1991 et 1998.
Thibault quitte la NBA pour la World Basketball League en 1988 et devient entraîneur durant deux saisons et general manager à Calgary, remportant le trophée d'entraîneur de l'année en 1988.
En 1989, Thibault commence une carrière de huit années en tant que general manager et entraîneur des Omaha Racers en Continental Basketball Association, menant l'équipe en playoffs lors de chaque saison; l'équipe remportant le titre en 1993 et atteignant la finale en 1994.
En 2008, il est entraîneur assistant de l'équipe olympique américaine aux JO de Pékin[3].
Le Sun de sépare de lui fin 2012[4]. Quelques semaines plus tard, les Mystics l'engagent comme general manager et entraîneur[5]. Ramenant les Mystics en play-offs pour sa première année à Washington, il est nommé entraîneur WNBA de l'année 2013[6].
Aux Mystics, il montre une nouvelle fois son talent pour tirer le meilleur d'une jeune équipe avec en 2016 seulement deux joueuses ayant plus de trois saisons d'expérience avec un bilan équilibré de 9 victoires sur 18 rencontres et une seconde place dans la Conférence Est[7]. En , il devient le premier entraineur de la WNBA à enregistrer 300 victoires[8].