En 1944, Maximilian von Weichs commandait le Groupe d'armées F dans les Balkans. Il supervisait la retraite allemande de la Grèce et la majeure partie de la Yougoslavie. Au cours du Procès de Nuremberg, Maximilian von Weichs fut accusé de crimes de guerre et devait participer au Procès des otages. Cependant, son nom fut retiré de la liste des accusés pour raisons médicales et il ne fut pas jugé.
Von Weichs prévient que ses lignes sont trop étirées, mais Hitler l'ignore. Les craintes de von Weichs se matérialisent lorsque les Soviétiques écrasent les armées italienne, hongroise et roumaine sur ses flancs, lors de l'opération Uranus, prenant au piège la 6e armée à Stalingrad. Von Weichs suggère un repli et s'attire la désapprobation d'Hitler. En conséquence, on lui retire le commandement d'une partie du groupe d'armées B pour former le nouveau groupe d'armées Don, dirigé par Erich von Manstein. Plus tard, en février, le reste du groupe d'armées B est fusionné au groupe d'armées Don pour former le groupe d'armées Sud, dirigé également par von Manstein. Von Weichs est placé dans la Führerreserve.
En août 1943, alors que la situation des Allemands est de plus en plus désespérée, von Weichs est nommé commandant du groupe d'armées F dans les Balkans, pour bloquer une éventuelle invasion des Alliés, cette région étant considérée comme le point faible du territoire contrôlé par l'Allemagne, car des groupes de partisans locaux s'y battent et gagnent en force. À la fin de 1944, il supervise le repli allemand de la Grèce et de la majeure partie de la Yougoslavie.
Alors que l'Allemagne nazie s'effondre, von Weichs est mis à la retraite le et il est arrêté par les troupes américaines en mai. Lors des procès de Nuremberg, von Weichs est accusé de crimes de guerre perpétrés lors de la répression des partisans, mais son affaire est retirée du procès des otages à cause de problèmes de santé et il ne répondra donc pas de cette accusation devant un tribunal.
(de) Fellgiebel, Walther-Peer (2000). Die Träger des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939-1945. Friedburg, Allemagne: Podzun-Pallas. (ISBN3-7909-0284-5).
(de) Scherzer, Veit (2007). Ritterkreuzträger 1939–1945 Die Inhaber des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939 von Heer, Luftwaffe, Kriegsmarine, Waffen-SS, Volkssturm sowie mit Deutschland verbündeter Streitkräfte nach den Unterlagen des Bundesarchives. Jena, Allemagne: Scherzers Miltaer-Verlag. (ISBN978-3-938845-17-2).