Il est le fils de l’homme politique Achille Chaper (1795-1874) et d’Antoinette Marie Henriette née Teisseire. Il entre à l’École polytechnique en 1854 puis à l’École des mines de Paris l’année suivante, mais n’obtient aucun diplôme. Durant ses études, il s'intéresse à la paléontologie et travaille notamment aux couches de la Porte de France à Grenoble.
En 1882-1883 il effectue son voyage en Inde en compagnie de l'explorateur Jacques de Morgan. En 1889 il se rend en Arménie où il est chargé par les actionnaires, avec Couttelenc et d'Izviekoff, de licencier Jacques de Morgan dirigeant alors une exploitation minière de cuivre à Akthala.
En 1895, il alla étudier le chemin de fer de Saint-Louis à Dakar pour mettre fin au différend qui opposait l'État et la Compagnie. L'année suivante, il se rendit en Transylvanie pour explorer le gisement aurifère de Muhlbach. Étant tombé malade, il fut ramené à Vienne où il mourut le .
Ouvrages
Notes sur quelques faits observés dans le massif de l'Oural... (1879)
Note sur la région diamantifère de l'Afrique australe (1880)
Découverte en Toscane de la dawsonite (1881)
Rapport sur une mission dans l'intérieur de l'Hindoustan (1884)
Découverte du diamant dans une pegmatite de l'Hindoustan (1884)