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Liste de phytovirus (virus s'attaquant aux organismes végétaux) classé par familles et par genres.

La taxinomie des virus phytopathogènes (virus de plantes) est fondée, comme pour toutes les familles et genres de virus, sur des critères de différenciation taxinomiques essentiels qui sont la présence ou l'absence d'une enveloppe virale, la symétrie de la capside (structure qui entoure le génome) et la nature du génome. L'acide nucléique qui constitue le génome présent dans le virion, peut être constitué d'ARN (RNA, la très grande majorité) ou d'ADN (DNA), dont la forme peut être linéaire ou circulaire, segmentée ou non segmentée ; la structure de l'acide nucléique peut être monocaténaire (à simple brin, ss) ou bicaténaire (à double brin, ds). Selon la polarité de l'acide nucléique à simple brin, on distingue des génomes à polarité négative ss(-), positive ss(+) et ambisens ss(-/+) . Chez certains virus de plantes, lors de la propagation par une transcriptase inverse (RT), l'ARN est transcrit en ADN.

La plupart des familles énumérées ci-dessous ne comprennent que des virus affectant les plantes, seules quatre familles (et huit genres) : Reoviridae (Fijivirus, Oryzavirus, Phytoreovirus), Rhabdoviridae (Cytorhabdovirus, Nucleorhabdovirus, Tenuivirus), Tymoviridae (Marafivirus), Tospoviridae (Orthotospovirus), comprennent aussi des espèces de virus des animaux^[1]. Plusieurs genres de virus des végétaux ne sont pas encore, selon les dispositions de l'ICTV, rattachés à une famille (non classés).

Liste des genres classés par familles

Selon ICTV^[2].

Groupe	Famille	Sous-famille	Genre	Génome	Enveloppe virale	Symétrie / Forme
Royaume : Riboviria
IV	Alphaflexiviridae		Allexivirus, Lolavirus, Mandarivirus, Platypuvirus, Potexvirus,	ss(+)RNA	absente	en hélice, filamenteux
III	Amalgaviridae		Amalgavirus	dsRNA	absente
V	Aspiviridae		Ophiovirus	ss(-)RNA, segmenté (3-4)	absente	en hélice, filamenteux
IV	Benyviridae		Benyvirus	ss(+)RNA, segmenté (4-5)	absente	en hélice, en bâtonnet
IV	Betaflexiviridae	Quinvirinae	Carlavirus, Foveavirus, Robigovirus	ss(+)RNA	absente	en hélice, filamenteux
IV	Betaflexiviridae	Trivirinae	Capillovirus, Chordovirus, Citrivirus, Divavirus, Prunevirus, Ravavirus, Tepovirus, Trichovirus, Vitivirus, Wamavirus	ss(+)RNA	absente	en hélice, filamenteux
IV	Botourmiaviridae		Ourmiavirus	ss(+)RNA, segmenté (3)	absente	icosaédrique, bacilliforme
IV	Bromoviridae		Alfamovirus, Anulavirus, Bromovirus, Cucumovirus, Ilarvirus, Oleavirus	ss(+)RNA, segmenté (3)	absente	icosaédrique, sphérique à bacilliforme
VII	Caulimoviridae		Badnavirus, Caulimovirus, Cavemovirus, Dioscovirus, Petuvirus, Rosadnavirus, Solendovirus Soymovirus, Tungrovirus, Vaccinivirus^[3]	dsDNA (RT), circulaire	absente	icosaédrique, bacilliforme
III	Chrysoviridae		Alphachrysovirus	ds(+)RNA, linéaire, segmenté (3-4)	absente	icosaédrique
IV	Closteroviridae		Ampelovirus, Closterovirus, Crinivirus, Velarivirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	en hélice, filamenteux
IV	Endornaviridae		Alphaendornavirus	dsRNA(+), linéaire	– ^[4]	–
V	Fimoviridae		Emaravirus	ss(-)RNA, segmenté (2)	absente	en hélice, en bâtonnet
IV	Kitaviridae		Blunervirus, Cilevirus, Higrevirus	ssRNA(+), linéaire	–	–
IV	Mayoviridae		Idaeovirus, Pteridovirus	ssRNA(+), linéaire	–	–
VI	Metaviridae		Metavirus	ssRNA-RT	–	–
III	Partitiviridae		Alphapartitivirus, Betapartitivirus, Deltapartitivirus	dsRNA, segmenté (2)	absente	icosaédrique, sphérique
V	Phenuiviridae		Coguvirus, Rubodvirus, Tenuivirus	ss(+/-)RNA et (-)RNA^[5], segmenté (4-6)	absente	filamenteux^[6]
IV	Potyviridae		Arepavirus, Bevemovirus, Brambyvirus, Bymovirus, Celavirus, Ipomovirus, Macluravirus, Poacevirus, Potyvirus, Roymovirus, Rymovirus, Tritimovirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	en hélice, filamenteux
VI	Pseudoviridae		Pseudovirus, Sirevirus	ssRNA (RT)	– ^[7]	icosaédrique, sphérique
III	Reoviridae^[8]	Sedoreovirinae	Phytoreovirus	dsRNA, segmenté (10-12)	absente	icosaédrique, sphérique
III	Reoviridae^[8]	Spinareovirinae	Fijivirus, Oryzavirus	dsRNA, segmenté (10-12)	absente	icosaédrique, sphérique
V	Rhabdoviridae^[9]		Alphanucleorhabdovirus, Betanucleorhabdovirus, Cytorhabdovirus, Dichorhavirus, Gammanucleorhabdovirus, Varicosavirus	ss(-)RNA, linéaire	présente	en hélice, bacilliforme
IV	Secoviridae		Cheravirus, Sadwavirus, Sequivirus, Torradovirus, Waikavirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	icosaédrique, sphérique
IV	Secoviridae	Comovirinae	Comovirus, Fabavirus, Nepovirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	icosaédrique, sphérique
IV	Solemoviridae		Polemovirus, Sobemovirus, Polerovirus, Enamovirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	icosaédrique, sphérique
IV	Tombusviridae	Calvusvirinae	Umbravirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	icosaédrique, sphérique
		Procedovirinae	Alphacarmovirus, Alphanecrovirus, Aureusvirus, Avenavirus, Betacarmovirus, Betanecrovirus, Gallantivirus, Gammacarmovirus, Macanavirus, Machlomovirus, Panicovirus, Pelarspovirus, Tombusvirus, Zeavirus, Luteovirus
		Regressovirinae	Dianthovirus
V	Tospoviridae		Orthotospovirus	ss(-/+)RNA et (-)RNA, segmenté (3)^[10]	présente	icosaédrique, sphérique
IV	Tymoviridae		Tymovirus, Marafivirus, Maculavirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	icosaédrique, sphérique
IV	Virgaviridae		Furovirus, Goravirus, Hordeivirus, Pomovirus, Pecluvirus, Tobamovirus, Tobravirus	ss(+)RNA, segmenté (3)	absente	en hélice, en bâtonnet
IV	Incertae sedis		Albetovirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	en hélice, en bâtonnet
IV	Incertae sedis		Aumaivirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	en hélice, en bâtonnet
IV	Incertae sedis		Papanivirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	en hélice, en bâtonnet
IV	Incertae sedis		Virtovirus	ss(+)RNA, linéaire	absente	en hélice, en bâtonnet
Royaume : Monodnaviria
II	Geminiviridae		Becurtovirus, Begomovirus, Capulavirus, Curtovirus, Eragrovirus, Grablovirus, Mastrevirus, Topocuvirus, Turncurtovirus	ss(+/-)DNA, circulaire, segmenté (1-2)	absente	icosaédrique, sphérique^[11]
II	Genomoviridae		Gemycircularvirus	ss(+)DNA	absente	icosaédrique, sphérique
II	Nanoviridae		Nanovirus, Babuvirus	ss(+)DNA, circulaire, segmenté (6-9)	absente	icosaédrique, sphérique
Viroïdes
Viroïdes	Avsunviroidae		Avsunviroid, Elaviroid, Pelamoviroid	ssRNA	absente
Viroïdes	Pospiviroidae		Apscaviroid, Cocadviroid, Coleviroid, Hostuviroid, Pospiviroid	ssRNA	absente

Notes et références

↑ (en) Fanny Balique, Hervé Lecoq, Didier Raoult & Philippe Colson, « Can Plant Viruses Cross the Kingdom Border and Be Pathogenic to Humans? », Viruses, vol. 7, n^o 4,‎ avril 2015, p. 2074–2098 (DOI 10.3390/v7042074, lire en ligne).
↑ (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », sur ICTV, juillet 2019 (consulté le 18 décembre 2020).
↑ (en) « Notes on Genus: Solendovirus », Description of Plant Viruses (DPV) (consulté le 28 octobre 2015).
↑ Virus présents uniquement dans les cellules, il n’existe aucun virion extracellulaire.
↑ Un segment est toujours ss(-)RNA, les autres segments 3.5 ont une polarité ambisens.
↑ Complexe de nucléoprotéines.
↑ Les particules icosaédriques ne sont présentes au niveau intracellulaire, pas de virions extracellulaires.
↑ La famille comprend aussi des genres de virus des vertébrés, des insectes et des champignons.
↑ Comprend également des genres de virus des vertébrés et des insectes.
↑ Les segments M et S sont ambisens, le segment L est à polarité négative.
↑ Particules toujours jumelées (géminées), capsides icosaédriques formant un virion.

Sources

(en) C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al., Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, Londres, San Diego, Elsevier academic press, 2005, 1259 p. (ISBN 0-12-249951-4).
(en) Sondra D. Lazarowitz, « Plant Viruses », dans David M. Knipe, Peter M. Howley (eds.-in-chief), Fields’ Virology, t. 2, Philadelphie, 2007, 5^e éd. (ISBN 0-7817-6060-7), p. 641-705.
(de) Gerhart Drews, Günter Adam et Cornelia Heinze, Molekulare Pflanzenvirologie, Berlin, 2004, 262 p. (ISBN 3-540-00661-3).