Il décroche un poste de stagiaire en 2001 chez les Rockies du Colorado de la Ligue majeure de baseball. Il se sert de cette expérience comme tremplin pour postuler chez les Rangers du Texas, où il est engagé comme assistant aux opérations baseball, pour ensuite être promu au poste de directeur des opérations baseball en octobre 2003, puis assistant au directeur-gérant John Hart en juillet 2004[1].
2005-2009
Le , Hart remet sa démission et les Rangers annoncent que le poste de directeur-gérant sera désormais occupé par Jon Daniels. Il est à 28 ans et 41 jours la plus jeune personne à occuper cette fonction dans l'histoire du baseball majeur. Il hérite d'une équipe de milieu de peloton qui n'a pas joué en séries éliminatoires depuis 1999[3] et ses premières décisions ne sont guère impressionnantes. Le , deux mois après son entrée en poste, il étonne en échangeant le joueur de deuxième but étoile Alfonso Soriano aux Nationals de Washington contre le voltigeurTerrmel Sledge, le premier but-voltigeur Brad Wilkerson et le lanceurArmando Galarraga. Dès la saison suivante, Soriano devient chez les Nationals l'un des rares joueurs de l'histoire à entrer dans le « club 40-40 ». Si le retour obtenu par Texas dans cet échange ne passe pas à l'histoire, la transaction a le mérite de libérer le poste de deuxième but pour la future vedette des Rangers Ian Kinsler[4].
Une des plus mauvaises décisions de Daniels, de son propre aveu[5], survient peu après lorsque le il échange Sledge, le lanceur Chris Young et, surtout, le jeune joueur de premier but Adrian Gonzalez aux Padres de San Diego contre les lanceurs Adam Eaton et Akinori Otsuka. Gonzalez, qui n'avait disputé que 59 matchs en deux ans jusque-là dans sa carrière, devient un joueur étoile chez les Padres et Young s'avère plus utile à sa nouvelle équipe que Eaton, qui se blesse et ne lance que 13 matchs des Rangers.
La table est maintenant mise pour plusieurs saisons où les Rangers seront parmi les meilleurs clubs du baseball. La franchise qui a historiquement connu peu de succès remporte ses deux premiers titres de la Ligue américaine en 2010 et 2011[3], un honneur qui lui avait échappé à ses 38 premières années à Arlington. Le club qui n'avait jusque-là remporté qu'un seul match éliminatoire (en 1996) fait deux voyages en Série mondiale mais repart bredouille. Après une défaite aux mains des Giants de San Francisco en Série mondiale 2010, le revers en Série mondiale 2011 est particulièrement difficile à accepter : après être deux fois passé à une seule prise de mettre fin au 6e match de la finale et être sacrés champions, les Rangers gaspillent leurs avances et perdent les deux derniers matchs contre les Cardinals de Saint-Louis.
En 2010, Jon Daniels est nommé directeur-gérant de l'année dans la Ligue majeure de baseball par Baseball America[8].
Le , il reçoit une promotion et ajoute le titre de président des opérations baseball à celui de directeur-gérant[9].
Le , les Rangers accordent une prolongation de 3 ans à Daniels, qui est désormais lié au club jusqu'à la fin de la saison 2018[10].
