Lors des élections législatives de 1986, Henry Jean-Baptiste est élu député de la circonscription unique de Mayotte sous l'étiquette Union pour la démocratie française (UDF) ; il est réélu à l'Assemblée nationale en 1988, 1993 et 1997. Il présente en 1999 un manifeste en faveur de la départementalisation de Mayotte signé par des élus de l’île. Pour ce faire, il rappelle qu'aux référendums de 1974 et 1976, les Mahorais ont majoritairement choisi de rester français plutôt que de devenir indépendants[3]. Il aurait inventé le terme « collectivité départementale », le statut juridique de Mayotte au sein de la République française de 2000 à 2010. À l'Assemblée, il œuvre au rapprochement du droit mahorais vers le droit commun[4]. Il ne brigue pas un nouveau mandat de député à l'occasion des élections législatives de 2002, à l'issue desquelles Mansour Kamardine (UMP) lui succède.
Le Monde du travail face aux nouvelles perspectives de la coopération internationale : le cas du trilogue, Genève, Institut international d'études sociales, 1981
« Vers une communauté de l'Afrique atlantique », dans Éthiopiques, revue socialiste de culture négro-africaine ; 6 (1976)
« Les complexes industriels plurinationaux en relation avec lʹagriculture », dans Économies et sociétés, cahiers de l'ISMEA ; 3 (1969) p. 1689-1704 (ISSN0013-0567)
Les Collectivités locales devant le problème de la rénovation urbaine, ENA, 1962
Préface
Emmanuel Roseau, Carnet de mission : Archipel des Comores, L'Harmattan, 2002 (ISBN978-2-7475-2907-5) (Collection Graveurs de mémoire)
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