Le pays est très montagneux, étant traversé par les Alpes dinariques. En son centre on retrouve les sommets de Vlašić (1 933 m), Čvrsnica (2 228 m) et Prenj (2 155 m). Plus à l'est on retrouve également des massifs tels Trebević (1 627 m), Jahorina (1 913 m), Igman (1 502 m), Bjelašnica (2 067 m) et Treskavica (2 088 m). C'est dans certaines de ces montagnes que se sont déroulées des épreuves des jeux olympiques d'hiver de 1984.
Près de la moitié du pays est recouverte de forêts, en particulier autour de la rivière Drina à l'est du pays. Le nord de la Bosnie le long de la rivière Save est très fertile et en conséquence largement cultivé. Il fait partie de la plaine de Pannonie, qui s'étend également en Croatie et Serbie. Au sud de la Bosnie-Herzégovine, le climat méditerranéen favorise également une importante activité agricole.