De retour à la Direction du Trésor, il occupe successivement les postes de chef de bureau de la balance des paiements et des changes, Chef de bureau de la trésorerie, sous-directeur chargé du service épargne et marché financier.
En 1981, Daniel Lebègue est nommé conseiller technique auprès du cabinet du Premier Ministre Pierre Mauroy, chargé des affaires économiques et financières. En 1983, il devient directeur adjoint de la Direction du Trésor puis directeur du Trésor de 1984 à 1987[3].
En 1987, il rejoint la Banque nationale de Paris[3] en tant qu'administrateur et directeur général, puis devient administrateur et vice-président en 1996.
Depuis 2003, il est administrateur d'Alcatel, Crédit agricole SA, Technip, Scor. Parallèlement, il est président de l'Institut du développement durable et des relations internationales, président de la section française de Transparency International[5], coprésident d’Eurofi, président d’Epargne sans frontières.
Transparency International France
En 2003, Daniel Lebègue est nommé président de Transparency International France, une ONG d'ampleur internationale qui combat la corruption au sein des gouvernements.
En 2011, à l'approche de l'élection présidentielle française de 2012, Transparency International France propose un « pacte éthique » à l'image du pacte écologique de Nicolas Hulot, et qui introduit le principe de « super procureur » pour couper les liens entre le Garde des Sceaux et le parquet. Daniel Lebègue affirme alors que « la démocratie française est malade » et se prononce contre le cumul des mandats[7].
En , dans le cadre de l'affaire des biens mal-acquis, Teodoro Nguema Obiang Mangue, fils du président de Guinée équatoriale, porte plainte contre Daniel Lebègue pour diffamation, Transparency International France s'étant portée partie civile dans ce procès[8].
En 2017, la réaction de l'opinion publique face aux éléments de l'affaire Fillon constitue pour Daniel Lebègue un « changement de culture » en France où les citoyens ne tolèrent absolument plus les techniques, mêmes indirectes, de corruption et de détournement des fonds publics pratiquées par les représentants politiques, et voit derrière ce changement le travail de fond de Transparency International[9].
Le 29 mai 2017, à la fin de son troisième mandat, c'est Marc-André Feffer qui lui succède[10].
