Les formations s'affrontent dans une première phase de six poules de quatre équipes où la victoire rapporte quatre points, un nul deux points et une défaite rien. D'autre part, un point de bonus est accordé aux équipes marquant au moins quatre essais et/ou perdant par sept points au plus.
Les quarts de finale sont disputés par les six équipes arrivées en tête de leur poule, classées de 1 à 6, et les deux meilleures deuxièmes (celles qui ont le plus grand total de points) sont classées 7 et 8. Les oppositions sont équipe 1 contre équipe 8, 2 - 7, 3 - 6 et 4 - 5. La suite de la compétition se fait par élimination directe à chaque tour.
Cette saison, la compétition est dominée par les Anglais qui placent trois représentants dans le dernier carré (égalant ainsi les performances françaises de 1999 et de 2005) et monopolisent la finale. C'est la première fois qu'aucun club français n'est présent à partir des demi-finales. Il en résulte que la France ne peut améliorer son score de finale consécutives avec au moins un de ses clubs en finale : il reste à quatre années consécutives par deux fois (finales de 1996 à 1999 et de 2003 à 2006).
En finale, les Leicester Tigers affrontent les London Wasps le au stade de Twickenham à Londres. Les Londoniens remportent leur second trophée après celui de 2004. Ils empêchent ainsi les Leicester Tigers de faire le doublé titre national et européen (voire le triplé Championnat et Coupes anglaise et d'Europe) et aussi de rafler un troisième titre pour rejoindre le Stade toulousain en tête du palmarès.
Le Stade toulousain est éliminé. Après seulement quatre rencontres, le Stade avait fortement hypothéqué ses chances, en partie à cause d'une franchise galloise étonnante qui vient briser l'hégémonie de trois nations sur les quarts de finale : trois clubs français, trois anglais, et deux provinces irlandaises en 2005-2006.
Les Llanelli Scarlets ont enchaîné exploit sur exploit : après avoir réussi à Toulouse en décembre 2006 un match incroyable remporté 41 à 34, la franchise galloise a une nouvelle fois réalisé une démonstration en gagnant 35 à 11 en Irlande sur le terrain de l'Ulster. Dans une poule très difficile, Llanelli obtient six victoires.
Le Biarritz olympique réalise un exploit inédit en gagnant ses cinq premiers matchs avec bonus. Ils gagnent leur dernier match sans bonus et ils comptent donc 29 points sur 30 possibles.
Le Leinster et le Munster se sont qualifiés et les clubs anglais qualifient trois de leurs représentants.
Une seule victoire est à signaler pour les équipes italiennes. Les Écossais font un peu mieux avec deux victoires.
Trois clubs anglais, deux français, deux provinces irlandaises et une franchise galloise se retrouvent donc en quarts de finale de l'édition 2006-2007.
Le Stade français et Biarritz sortent prématurément contre les clubs anglais de Leicester, futur champion d'Angleterre, et de Northampton, futur relégué. Trois clubs anglais jouent les demi-finales. Favoris, les Leicester Tigers et les London Wasps, s'imposent facilement et se retrouvent pour la première finale de Coupe d'Europe 100 % anglaise.
Finale
Des Wasps très réalistes raflent leur deuxième titre européen après celui de 2004[1]. Le capitaine du XV de France Raphaël Ibañez gagne la première Coupe d'Europe de sa carrière[2]. Leicester, pourtant favori, manque un triplé historique après ses victoires en Championnat d'Angleterre et dans la Coupe anglo-galloise.
La Coupe d'Europe est désignée en tant que Champions Cup à partir de 2014. Le Challenge européen est désigné en tant que Challenge Cup à partir de 2014.
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