En 1762, décision est prise de construire l'actuelle église de la Madeleine. L'ancienne église est supprimée en 1765. Mais le cimetière qui touche l'édifice religieux, à l'angle de la deuxième partie de la rue de la Madeleine, est conservé dans le but de l'affecter spécialement à l'inhumation des condamnés exécutés sur la place de la Révolution.
La commune de Paris publie cet arrêté :
« Séance du . Le procureur de la Commune entendu, le conseil général arrête que la guillotine restera dressée sur la place de la Révolution, jusqu'à ce qu'il en ait été autrement ordonné, à l'exception néanmoins du coutelas que l'exécuteur des hautes œuvres sera autorisé d'enlever après chaque exécution[1]. »
Mais le couteau de la guillotine fauche tant de têtes que le pavé de la rue de la Ville-l'Évêque est constamment rougi de sang. D'ailleurs, ce charnier se trouve aussi dans le voisinage trop immédiat de la place de la Révolution. Cette double circonstance, mentionnée dans un rapport du commissaire de police de la section du Mont-Blanc, motive la suppression de l'ancien cimetière de la Madeleine. Sa fermeture n'a pas lieu pour cause d'encombrement, attendu qu'on s'empresse, dès qu'une tranchée est remplie de cadavres, de les couvrir d'une couche de chaux vive, mais bien pour les raisons indiquées plus haut, et consignées dans le procès-verbal du magistrat qui termine en ces termes son rapport : « D'ailleurs le cimetière de la Madeleine est le sujet des diatribes des aristocrates et des contrerévolutionnaires »[2].
Le cimetière de la Madeleine a donc servi pendant la Révolution française de lieu d'inhumation des personnes guillotinées place de la Révolution, dont Louis XVI et son épouse Marie-Antoinette, avant que leurs dépouilles ne fussent emmenées à la basilique de Saint-Denis lors de la Restauration. Olivier Desclozeaux, avocat royaliste, permit de retrouver les corps.
Louis XVIII, pour perpétuer le souvenir de l'exécution de son frère, y fait construire une chapelle expiatoire en 1826, chapelle aujourd'hui incluse dans le square Louis-XVI qui occupe l'espace de l'ancien cimetière.
Antoine-Nicolas Collier, général comte de la Marlière, condamné à mort par le tribunal révolutionnaire le 6 frimaire an II ()
Charles Henri d'Estaing, amiral de France, condamné par le tribunal révolutionnaire et guillotiné 9 floréal an II ()
Le cimetière après 1793
Pierre-Louis-Olivier Descloseaux, un riverain du cimetière de la Madeleine, acheta le lopin de terre. Ayant été témoin des inhumations qui y furent faites, et ayant dressé la liste des 1343 personnes guillotinées de 1792 à 1794[8], il avait circonscrit l'endroit exact où reposaient les corps et entouré le carré d'une charmille avec des saules pleureurs et des cyprès, dans le souci de sauvegarder les dépouilles du couple royal et des autres victimes qui y étaient inhumées.
↑Joseph Fr Michaud et Louis Gabriel Michaud, Biographie universelle, ancienne et moderne, ou, Histoire, par ordre alphabétique, de la vie publique et privée de tous les hommes qui se sont fait remarquer par leurs écrits, leurs actions, leurs talents, leurs vertus ou leurs crimes: ouvrage entièrement neuf, Michaud frères, (lire en ligne), p. 589
↑Jean Baptiste H. R. Capefigue, Louis XV et la société du XVIIIe siècle, (lire en ligne), p. 123
↑Liste Des Personnes Qui ont péri par jugement du Tribunal Révolutionnaire, depuis le 26 août 1792, jusqu'au 13 juin 1794 (25 prairial an 2) Et dont les corps ont été inhumés dans le terrain de l'ancien cimetière de la Madelaine, ..., Lottin, (lire en ligne)