Après avoir commencé sa carrière sportive en 1999, elle perd progressivement la vue à cause d'une maladie dégénérative (rétinite pigmentaire)[1]. Son investissement sportif l'aide à se surpasser et à dépasser son handicap. Elle obtient des premiers résultats lors des Championnats de France d'athlétisme en 2002[2] puis lors Championnats du monde d'athlétisme 2003 à Paris où des compétitions handisport étaient organisées.
Lors des jeux paralympiques de Pékin, dont elle a été la porte-drapeau de la sélection française lors de la cérémonie d'ouverture[3], elle participe à quatre épreuves. Pour la première de celle-ci, le 800 mètres, elle est devancée par la Tunisienne Somaya Bousaïd. Malgré une très forte déception, elle se reprend et remporte le 400 mètres, puis échoue de nouveau face à la Tunisienne lors de la finale du 1 500 mètres, remportant toutefois sa deuxième médaille d'argent. Elle remporte ensuite le 200 mètres, établissant également un nouveau record du monde de la discipline[4].
Après avoir arrêté sa carrière après les jeux de Pékin, elle renoue avec la compétition. Lors des Jeux paralympiques 2012 de Londres, elle remporte le 400 mètres, remportant ainsi son troisième titre consécutif sur cette distance[5]. Elle remporte ensuite le 200 mètres, distance qu'elle avait également remportée en 2004 et 2008, en établissant un nouveau record du monde de la discipline pour sa catégorie de handicap, T12[6], avec le temps de 24 s 46[7]. Sur la troisième distance qu'elle dispute, le 100 mètres, elle termine deuxième de sa demi-finale derrière la Chinoise Zhou Guohua dans le temps 12 s 34. Ce temps, qui constitue son record personnel, ne lui permet pas de se qualifier pour la finale, seuls les vainqueurs des trois demi-finales et le meilleur temps étant qualifiés[8],[9].
Ses résultats lui valent d'être élevées au titre d'Officier de la Légion d'honneur le 31 décembre 2012[10], cet honneur faisant suite au titre de Chevalier de la Légion d'Honneur[11]. Elle est aussi élevé au rang d'Officier de l'ordre national du Mérite le 14 novembre 2008[12].
En 2013, un gymnase est nommé en son honneur à Asnières[13].
À l'issue des Jeux Paralympiques de 2008, Assia El Hannouni exprime en direct sur France 2 sa déception de ne pas avoir vu le gouvernement et Nicolas Sarkozy soutenir les athlètes paralympiques de la même manière que les sportifs olympiques : « Ça faisait partie de son discours avant les présidentielles, qu'il considérait les personnes handicapées comme les personnes valides. Là, je me rends compte qu'il n'a pas eu du tout d'intérêt pour les Jeux paralympiques. »[14]. Sur RMC, elle enfonce le clou : « Quand je vois qu'aux JO, Monsieur Nicolas Sarkozy arrive pour la cérémonie d'ouverture pour les valides alors que Monsieur est en vacances… Nous, personne n'est venu nous voir. »[15]. Ou encore : « On n'a pas les mêmes droits que les athlètes valides. On est en 2008 : il faudrait que ça se bouge enfin ! (…) Qui aura le courage et le culot de vouloir faire avancer les choses ? Aujourd'hui, on ne sait pas… »[15]. L'UMP répond alors que c'est le service public de France Télévision qui fait de la discrimination. Philippe Juvin, secrétaire national du parti a notamment regretté « l'absence » de retransmissions en direct[14].
↑Le T correspond aux compétitions sur piste. Le premier chiffre décrit le type de handicap, le 1 étant pour les malvoyants. Le deuxième chiffre définit le degré du handicap, le chiffre le plus faible correspondant au handicap le plus élevé.