Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Peli sijoittuu Rooman valtakunnan aikaan, kun keisari Tiberius on vallassa. Keisari on päättänyt laajentaa Roomaa ja on hyökännyt Kreikkaan, tarkoituksenaan kukistaa Sparta. Roomalaiset, kenraali Crassuksen, johdolla ovat piirittäneet kaupungin ja valmistautuvat hyökkäykseen. Nimetön sankari, jota kutsutaan Spartalaiseksi (pelaajan ohjaama), taistelee spartalaisten puolella yhdessä Castorin ja Polluxin kanssa puolustaen muureja. He torjuvat roomalaisten hyökkäykset, mutta Crassus lähettää Taloksen, suuren vaskijättiläisen, tuhoamaan muurit. Spartalainen kuitenkin tuhoaa Taloksen muurilla olevien katapulttien avulla. Seuraavana yönä Ares käskee Spartalaista menemään Roomalaisten leiriin ja hakea sieltä Athenenmiekat. Hän suoriutuu tehtävästä Castorin avustuksella ja samalla he vapauttavat Electran ja useita muita vankeja. Electra kertoo Spartalaiselle, että roomalaisilla on uusi, voimakas ase. Hänen sanansa todistuvat aidoiksi kun roomalaiset hyökkäävät uuden aseensa kanssa. He ovat vanginneet Medusan koneeseen, jonka avulla he voivat kivettää vastustajansa pitkän matkan päästä. Lisäksi Crassuksella on käytössään kilpi, jonka avulla voi myös kivettää. Spartalainen kuitenkin onnistuu uudestaan hyökkäämään roomalaisten leiriin ja hän tuhoaa koneen samalla tappaen Crassuksen, jolta saa käyttöönsä kilven.
Ares puhuu taas Spartalaiselle ja opastaa häntä lähtemään Troijaan hakemaan Akhilleuksenkeihästä pelastaakseen tämän avulla Spartan. Spartalainen matkustaa yhdessä Kastorin, Polluxin ja Electran kanssa pohjoiseen ja he joutuvat matkan varrella taistelemaan barbaareita ja heidän johtajaansa Beowulfia vastaan, jolta Spartalainen saa sotavasaran. Sankareiden joukkio astuu Troijan alamaailmaan ja Spartalainen taistelee tiensä Akhilleuksen hautakappeliin. Troijassa hän myös tapaa Sejanuksen, joka on pretoriaanikaartin prefekti, Tiberiuksen oikea käsi ja velho. Hän herättää henkiin useita Troijan sodassa kuolleiden luurankoja ja ruumiita, jotka hän sitten lähettää taistelemaan Spartalaista vastaan. Saavuttua hautakappeliin, Spartalainen tapaa taas Sejanuksen, joka tekee Spartalaisesta kopion, jota vastaan tämä sitten joutuu taistelemaan. Spartalainen selviytyy taas, saa Akhilleuksen keihään ja taistelee tiensä pois Troijasta tappaen samalla Hydran. Spartalaisen ja muiden sankareiden ollessa Troijassa, Rooma oli vallannut Spartan, joka oli jäänyt vähälle puolustukselle.
Spartalainen tajuaa, että Tiberius on tapettava. Hän matkustaa Ateenaan, missä hän tapaa tieteilijä Arkhimedeen, joka johtaa Rooman-vastaista vastarintaliikettä. Spartalainen suojelee Arkhimedesta tämän pitäessä puhetta, pelastaa useita vastarintaliikkeen jäseniä teloitukselta ja loppujen lopuksi päätyy taistelemaan Sejanusta ja lohikäärmeLadonia vastaan. Sejanus onnistuu tappamaan Polluxin mutta kuolee pian itsekin.
Lähdettyään Ateenasta Spartalainen matkustaa Roomaan "Gates of Saturn" -nimisen, Alpeilla sijaitsevan linnoituksen kautta, missä he tapaavat henkiin heränneen Sejanuksen. Spartalainen tappaa hänen voiman lähteinä toimivat Papittarensa ja lopulta myös itse Sejanuksen, viimeisen kerran. Spartalaisen armeija jatkaa matkaansa Roomaan, missä heidän suunnitelmanaan on tappaa Tiberius. Spartalainen joutuu kulkemaan Rooman viemäreissä ja katakombeissa päästäkseen kaupunkiin, samalla kun muut matkustavat Colosseumille, missä Tiberius seuraa esitystä, tarkoituksenaan räjäyttää hänen katsomonsa. Spartalainen onnistuu pääsemään kaupunkiin, tapettuaan katakombeissa Minotauroksen, mutta saa selville että muut olivat räjäyttäneet pommit liian aikaisin ja Tiberius oli selvinnyt. Seuraavaksi Spartalainen pelastaa Electran ja Castorin ja taistelee tiensä Tiberiuksen luokse. Tiberius loppujen lopuksi putoaa katsomostaan tyhjälle areenalle ja kuolee. Spartalainen kiiruhtaa hänen ruumiinsa luokse ja tapaa todellisen vastustajansa: Areen, joka paljastaa totuuden hänelle.
Spartalainen, joka ei ole koskaan tiennyt menneisyydestään, on oikeasti Afroditen palvelijan poika. Tämä palvelija oli ilmiantanut Areen, tämän rakkaussuhteesta Afroditen kanssa, Afroditen miehelle. Ares tappoi palvelijan, mutta hänet karkotettiin muiden jumalien luota. Spartalaisen muisti pyyhittiin ja hänet piilotettiin Areelta spartalaisten joukkoon ja hänelle oli myönnetty yli-inhimilliset voimat. Ares oli auttanut Roomaa valloittamaan Kreikan vain löytääkseen Spartalaisen ja tuodakseen tämän Roomaan. Tämän kerrottuaan Ares ja Spartalainen aloittavat kaksintaistelun, josta Spartalainen selviää voittajana tuhottuaan Areen.
