Peräseinäjoen seurakunta on entinen Suomen evankelis-luterilaisen kirkon seurakunta, joka toimi Peräseinäjoen kunnassa ja oli osa Lapuan hiippakuntaa. Seurakunta liitettiin Seinäjoen seurakuntaan vuoden 2005 alussa ja tämän alueella jatkaa Peräseinäjoen kappeliseurakunta.
Peräseinäjoen seurakunta perustettiin jo vuonna 1765 Ilmajoen seurakunnan kappeliseurakunnaksi. Seuraavana vuonna se sai oman vakituisen kappalaisensa Arvid Henrik Walleniuksen. Omaksi kirkkoherrakunnakseen se erotettiin vuonna 1882 mutta ensimmäinen kirkkoherra valittiin vasta vuonna 1894. Tätä ennen seurakunnassa toimi vt. kirkkoherrana Juho Alfred Lilius.[1] Vuonna 2005 Peräseinäjoen kunnan liittyessä osaksi Seinäjoen kaupunkia, myös seurakunta lakkautettiin itsenäisenä kirkkoherrakuntana ja siitä tuli Seinäjoen kappeliseurakunta.
Peräseinäjoen seurakunnan kirkkona toimi vuonna 1892 valmistunut lääninarkkitehti Ivar Aminoffin suunnittelema Pyhän Paavalin kirkko. Seurakunnan edellinen kirkko purettiin tämän tieltä huonokuntoisena. Peräseinäjoen kirkon omistaa nykyisin Seinäjoen seurakunta.
Peräseinäjoen seurakunta kuuluu muun Seinäjoen eteläisen ja läntisen alueen tavoin voimakkaaseen ja yhtenäiseen evankelisen herätysliikkeen tukialueeseen.[2]