Seuran alkuperäinen nimi oli Törnävän Pallo-55 (TP-55),[1] mistä 1990-luvulta alkaen käytettiin myös lyhennettä TP-Seinäjoki. Seura pelasi kaudella 1997 Suomen korkeimmalla sarjatasolla Veikkausliigassa.[2][3] Jalkapallon lisäksi seuran valikoimaan on aikoinaan kuulunut koripallo.[4][5]
SeinäjoenTörnävällä vuonna 1955 perustettu Törnävän Pallo-55 nousi useiden alasarjakausien jälkeen II divisioonaan kaudeksi 1987.[3] Ensimmäisellä kaudellaan seura sijoittui toiseksi I divisioonaan nousseen Jaron jälkeen. TP-55 nousi I divisioonaan kaudeksi 1990, missä se pelasi neljä kautta ennen putoamista.[3] Kauden 1993 jälkeen seura otti käyttöön nimen TP-Seinäjoki.[3][2]
Kaudeksi 1996 TP-Seinäjoki nousi takaisin Ykköseen (aik. I divisioona) ja heti seuraavaksi kaudeksi Veikkausliigaan voittamalla karsinnassa Hangö IK:n yhteismaalein 8–2.[3][7] Näillä kausilla TP-Seinäjokea valmensi seuraa myös pelaajana edustanut Keith Armstrong, joka ei kuitenkaan seurannut seuraa liigaan, vaan siirtyi samaan aikaan Ykköseen pudonneeseen Valkeakosken Hakaan.[2] Veikkausliigassa seura pelasi ainoastaan kauden 1997. TP-Seinäjoki jäi sarjan toiseksi viimeiseksi ja putosi Ykköseen hävittyään liigakarsinnassa Pallokerho-35:lle yhteismaalein 7–5.[8] Liigakauden aikana tehtiin seuran yleisöennätys, kun Seinäjoen keskuskentälläTurun Palloseuraa vastaan pelattua ottelua oli seuraamassa 3 620 katsojaa.
Liigasta putoamisen jälkeen TP-Seinäjoki pelasi Ykkösessä kaudet 1998–2002 ja Kakkosessa 2003–2007.[3] Vuonna 2007 TP-Seinäjoki ja niin ikään Kakkosessa pelannut paikallisvastustaja Sepsi-78 päättivät yhdistää edustusjoukkueensa uuden seuran Seinäjoen Jalkapallokerhon alaisuuteen.[2] Vanhat seurat jatkoivat pääasiassa junioriseuroina, mutta niiden oli mahdollista jatkaa myös edustusjoukkuetoimintaa alemmilla sarjatasoilla. TP-Seinäjoki pelasikin kaudet 2008–2009 Nelosessa.[9]
Huhtikuussa 2012 seura muutti nimensä muotoon Seinäjoen jalkapallokerho-juniorit, josta käytetään lyhennettä SJK-juniorit.[1][10]
Seura on pelannut muutaman kauden myös Futsal-liigassa. Osan kausista se pelasi nimellä TP-Seurahuone. Myöhemmin TP-Seurahuone muutti Kokkolaan, jossa se toimii nykyään nimellä TP-Kaarle.