Koukonísi sijaitsee lähellä Moúdroksenlahden itärantaa. Saari on yhdistetty Límnoksen pääsaareen noin 400 metriä pitkällä pengertiellä. Joskus saarten väli kuivuu niin, että Koukonísi muodostaa käytännössä niemen. Saaren suurin korkeus on noin 10 metriä.[2]