Sõjaväearsti karjääri jätkas ta ka Vabadussõjas. 3. jalaväepolgu arst Johan Vares nimetati 3. detsembril 1920 ümber sanitar-leitnandiks, vanusega 27. juulist 1914 (Käsk Vabariigi Sõjavägedele nr. 1175) ning samal päeval ülendati ta kiiduväärse teenistuse eest sanitar alamkapteniks vanusega 15. novembrist 1916 (Käsk Vabariigi Sõjavägedele nr. 1176) ja sanitar kapteniks, vanusega 3. juulist 1919 (Käsk Vabariigi Sõjavägedele nr. 1177). dr J. Vares oli Vaivara laatsaretis tähnilist tüüfust põdevaid sõdureid ravinud lendsalga ülemaks[2]. Osutatud teenete eest määrati talle Vabariigi Valitsuse otsusega 13. oktoobrist 1920 Vabadusristi I liigi 3. järk[3], kuid ta keeldus seda vastu võtmast.[4]. EKP-le esitatud eluloos tunnistab Vares-Barbarus, et tema äraolekul on Vabadusrist talle koduste allkirja vastu siiski kätte toimetatud.[5] 1923. aastal autasustati Vabadussõjast osa võtnud sõjaväelaste autasu seaduse alusel Varest-Barbarust kui vanemohvitserist Vabadusristi kavaleri 50 000 margaga. Aastatel 1921–1939 oli ta arst Pärnus.
1918. aastal avaldas Vares oma esimese luulekogu "Fata-Morgana". Järgmisel aastal abiellus ta Emilie Roodega ning ilmus tema teine luulekogu "Inimene ja sfinks", järgnevatel aastatel veel kogud "Katastroofid" (1920), "Kolmnurk" (1921), "Vahekorrad" (1922), "Geomeetriline inimene" (1924), "Multiplitseerit inimene" (1927), "Maailm on lahti" (1929), "E.V.-r" (1932), "Tulipunkt" (1934), "Memento" (1936) jpt.
Barbarus manas Eesti publikut, laulupidusid, spordivõistlusi ja hurraaisamaalisust, ajakirjandust, "mis ajab oksele", ja Eesti tõusiklikku riiki, mis on "kui maohaav, mis rahu ei anna".[6] Ta mängis korduvalt mõttega asuda Prantsusmaa asumaadesse või Kanadasse.[7] Alates 1924. aasta suvest tuvastas Barbarus oma meelsusideaali kommunistlikuna või vähemalt kommunismile lähedasena.[8] "Päris kindlasti ei teinud tema luule oodatu leviku ja tunnustuse puudumine Barbaruse niigi tigedat hoiakut Eesti riigi ja ühiskonna suhtes leebemaks. Tunnustusvajadus oli aga sel mehel, kes, väikesekasvuline naine käevangus, laia äärega kauboikübar peas, oma põlatud Pärnus ringi käis, väga suur."[9] Poliitikas ta (erinevalt paljudest teistest vasakintellektuaalidest) otseselt ei osalenud, kuid kirjutas "kodanlikku riiki" kritiseerivaid luuletusi ning külastas mitmel korral (1928, 1935, väidetavalt ka 1939) Nõukogude Liitu, millest talle jäi väga idealistlik mulje.[10]
Varese luuletused ilmusid sageli tema hea sõbra Johannes Semperi toimetatud ajakirjas Looming. Koos Eduard Vildega kirjutasid nad ka ühiskonnakriitilise ja natsionaalsotsialismivastase koguteose "Vastutusrikkal ajal" (1933).
Riigisekretäri teadaanne J. Varese ametivande andmisest Vabariigi Presidendile 21. juunil 1940. Riigi Teataja, 22. juuni 1940Vabariigi Presidendi käskkiri 21. juunist 1940 Johannes Varese valitsuse ametisse nimetamisest. Riigi Teataja, 21. juuni 1940
Vares oli Eestimaa Kommunistliku Partei liige 1940. aastast. Aastal 1940, Eesti okupeerimise järel, esitas Moskva emissar Andrei Ždanov Varese üsna ootamatult "rahvavalitsuse" (Nõukogude okupatsioonivõimude meelse valitsuse) peaministrikandidaadiks.[11] Pakkumine võis tulla ka Varesele endale ootamatult, ehkki on ka vastupidiseid väiteid.[10] Igal juhul võttis ta pakutud koha vastu: 21. juunil1940 kell 22.20 andis ta president Konstantin Pätsile ametivande. Võimalik, et tema ja mõned ta ministrid lootsid, et nad suudavad vähemasti formaalsegi iseseisvuse säilitada (nn Mongoolia tee), kuid tegelikult polnud neil pea mingit tegevusvabadust.[10] Okupatsioonivõimud dikteerisid sisuliselt kogu nende tegevuse ning sundisid Varest korraldama uusi "valimisi"[10], kus võis osaleda vaid üks opositsioonikandidaat, Jüri-Rajur Liivak. Järgnevalt esitas Riigivolikogu formaalse palve Eesti vastuvõtmiseks Nõukogude Liitu, mis rahuldati 6. augustil.
24. augustil paigutati Johannes Vares Eesti NSV Ülemnõukogu Presiidiumi esimehe ametikohale, kuhu ta jäi kuni surmani. 1941. aasta juulis põgenes ta Eestist Nõukogude Liitu, kus organiseeris tagalas eestlastele suunatud kommunistlikku propagandat.[10]
29. novembril1946 leiti ta kell 11.40 oma korteris vannitoa põrandalt surnuna. Tema surma asjaolud on täpsemalt välja selgitamata. Esialgu väideti, et ta suri "pärast lühikest kuid rasket haigust", kuid hiljem on peetud kõige tõenäolisemaks, et tegu oli enesetapuga, sest ta leiti põrandalt verisena, tema kõrval lebas 7,65 mm püstol Walther ja padrunikest ning vannitoa aknalaual olid hüvastijätukirjad, üks Ülemnõukogu Presiidiumi esimehe asetäitjale Nigol Andresenile ja teine abikaasale.[12][11] On oletatud ka seda, et ta tapeti.[13][14]
1947. aasta 6. märtsiks (surmapäev 3.) oli salapäraselt surnud ka tema abikaasa Emilie Vares[11] (neiuna Roode, 1898–1947), kelle matusest Metsakalmistul võtsid teiste hulgas osa Hans Kruus, Eduard Päll ja Nigol Andresen.[15]
