Los reptiles (en sentido amplio) son un grupo parafilético. El grupo puede hacerse monofilético si nos referimos a Amniota, porque incluye a mamíferos y aves o si nos referimos a Diápsida, porque incluiría a las aves.
En filogenia, un grupo es parafilético cuando incluye al ancestro común de sus miembros, pero no a todos los descendientes de este. Un grupo se constituye como parafilético cuando a un clado (rama evolutiva) se le sustraen uno o más grupos holofiléticos.
Las clasificaciones tradicionales están cargadas de grupos parafiléticos, como invertebrados, pteridofitas, reptiles o póngidos. En cada uno de estos casos, el grupo se define por la exclusión de un grupo menor dentro de otro mayor; los invertebrados son los animales que no son vertebrados; las pteridofitas son las plantas vasculares que no son fanerógamas; los reptiles son tetrápodos de piel escamosa que no son aves o mamíferos; los póngidos son los antropoides que no son homínidos. Así, cada grupo aparece definido negativamente, por rasgos que le faltan, en vez de manera positiva, por los rasgos que comparten sus miembros.
La legitimidad del uso de grupos parafiléticos en la clasificación es muy discutida. Quienes lo defienden lo hacen solo para aquellos casos en que resulta un grupo de características primitivas o ancestrales bien definidas, las cuales conforman un grado evolutivo. Los que se oponen alegan que solo los grupos holofiléticos son legítimos en una clasificación evolutiva. Bajo un cierto concepto los grupos parafiléticos son llamados monofiléticos (grupos convexos), al igual que los holofiléticos.
En las clasificaciones, los grupos parafiléticos se suelen indicar escribiendo el nombre del taxón entre comillas o añadiendo (P) a continuación del nombre del taxón, por ejemplo, "Radiolaria" o Protalveolata (P).[1] En algunas publicaciones se escribe un asterisco a continuación del nombre del taxón, por ejemplo, Reptilia*.[2]
Los procariotas son una agrupación parafilética de organismos celulares que tradicionalmente se clasificaban en el reino Monera[7], pero estudios posteriores revelan una gran diferencia entre las arqueas y las bacterias[8][9], lo cual dividió al reino monera en Eubacteria y Archaebacteria, pues aún se consideraban bacterias a las arqueas, luego de la propuesta de los tres dominios que introdujo un nivel de clasificación por encima del reino, el término bacteria se restringió a solamente las que pertenecían al aquel entonces Eubacteria, mientras que las arqueas fueron consideradas sustancialmente diferentes de las bacterias[10][11][12][13], por análisis moleculares se notó que las arqueas estaban más emparentadas a los organismos eucariotas que a las bacterias[14], lo cual los colocó como el grupo hermano de Eukarya[15], formando Arkarya o Arkaryota, hasta que hallazgos de arqueas de Asgard sugirieron que las arqueas también son parafiléticas, habiendo surgido los eucariotas dentro de ellos[16][17][18], las asgardarchaeotas pertenecían a un clado denominado Eukaryomorpha[19][20][21]. Con ello, Prokaryota[22], Archaea, y Argardarchaeota[23] son parafiléticos al dominio Eukaryota.
Los peces sin mandíbula son una agrupación parafilética hacia los peces con mandíbula, pero los agnatos vivos (Cyclostomi) forman un grupo monofilético gracias a análisis moleculares. Los ostracodermos tradicionalmente se consideraron un grupo que conducía a Gnathostomata, pero nuevos análisis colocan a los Anaspidomorphi más cercano a los ciclóstomos que a otros ostracodermos, haciendo a Ostracodermi doblemente parafilético.[25][26][27]
Los peces, una agrupación tradicional son un grupo parafilético que o incluye a los tetrápodos, específicamente estos últimos son parte de Sarcopterygii, Euteleostomi como Osteichthyes monofilético, y peces con mandíbula que al tener que incluir a los tetrápodos se convierte en vertebrados con mandíbula.
En 1974 Alan Jack Charig y José Fernando Bonaparte, propusieron que Saurischia no era un grupo monofilético tomando en cuenta que la pelvis reptiliana eran en realidad una sinapomorfía de todos los dinosaurios y propusieron el grupo Phytodinosauria, no obstante hay muy poco apoyo para la agrupación y en su lugar favorecen a Saurischia o al controvertido Ornithoscelida,[28][29][30] y en ambas los terópodos están más relacionados con un tipo de "fitodinosaurios" que a otros, así mismo los herrerasaurios están relacionados con los sauropodomorfos en el caso de que Ornithoscelida sea válido, formando Pachypodosauria, por lo que Phytodinosauria es poliparafilético en varios análisis.
Además de los zorros verdaderos de la tribu Vulpini, otros grupos de caninos se pueden denominar comúnmente "zorros", formando un grupo parafilético hacia otros géneros de caninos como hacia Canina.[39]
Los plesiadaspiformes son un orden de euarcontos extintos, aunque parecen ser los ancestros directos de los primates, con Purgatorius como el más basal,[43][44] también se propuso que los dermópteros también surgieron de plesiadaspiformes.[45] En 2021 se descubrió que los Purgatoridos eran hermanos de Dermoptera, mientras que el resto de los Plesiadapiformes parecen ser hermanos de los primates restantes.[46]
Prosimii fue un suborden tradicional que abarcaba cualquier primate que no sea parte de Simiiformes, no obstante los tarseros se agrupa como un grupo hermano de los monos, formando Haplorrhini en su lugar.[47][48]
En la taxonomía tradicional, los grandes simios se agrupaba en la familia Pongidae, mientras que los seres humanos y sus parientes extintos se agrupaban en Hominidae, no obstante esa familia es obsoleta, por lo que todos los grandes simios fueron agrupados junto a los humanos en la familia Hominidae.[57]
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