Ο Βιγίλιος κατάγονταν από σημαντική Ρωμαϊκή οικογένεια. Ο πατέρας του, Ιωάννης, ήταν ύπατος[3] ενώ ο αδερφός του, Ρεπάρατος ήταν συγκλητικός.[4] Έγινε διάκονος της Ρωμαϊκής Εκκλησίας το 531, χρονιά κατά την οποία ο Ρωμαϊκός κλήρος συμφώνησε να δώσει την εξουσία στον πάπα να καθορίζει τον διάδοχό του.[5] Ο Βιγίλιος ορίστηκε από τον Πάπα Βονιφάτιο Β' ως διάδοχός του. Η αντίθεση σε αυτή την διαδικασία διαδοχής, οδήγησε τον Βονιφάτιο να αποσύρει τον διορισμό του Βιγίλιου και να κάψει το αντίστοιχο διάταγμα.[6]
Ο μεθεπόμενος πάπας από τον Βονιφάτιο, Αγαπητός ο Α΄, διόρισε τον Βιγίλιο, παπικό αντιπρόσωπο (αποκρισιάριο) στην Κωνσταντινούπολη και έτσι βρέθηκε στην πρωτεύουσα της Ανατολής. Η αυτοκράτειρα Θεοδώρα προσπάθησε να τον πάρει με το μέρος της για να εκδικηθεί τον εκτοπισμό του μονοφυσίτηπατριάρχη Άνθιμου από τον πάπα Αγαπητό και επιπλέον να αποκτήσει βοήθεια για τον αγώνα της υπέρ των Μονοφυσιτών.[7]
Λέγεται ότι ο Βιγίλιος συμφώνησε με τα σχέδια της αυτοκράτειρας, αφού του υποσχέθηκε την Παπική Έδρα και μεγάλο χρηματικό ποσό (700 λίβρες χρυσό).[6] Μετά τον θάνατο του Αγαπητού στις 22 Απριλίου του 536, ο Βιγίλιος επέστρεψε στη Ρώμη εφοδιασμένος με γράμματα από την αυτοκρατορική αυλή, και χρήματα. Στο μεταξύ πάπας είχε γίνει ο Σιλβέριος με τη βοήθεια της επιρροής του βασιλιά των Γότθων. Λίγο μετά ο βυζαντινός στρατηγός Βελισάριος οχύρωσε τη Ρώμη, η οποία παρ’ όλα αυτά ξαναπολιορκήθηκε από τους Γότθους. Ο Βιγίλιος έδωσε στον Βελισάριο τα γράμματα από την αυλή της Κωνσταντινούπολης, τα οποία τον υποδείκνυαν για τον παπικό θρόνο. Κατηγορώντας ψευδώς τον Σιλβέριο, έπεισε τον Βελισάριο να τον εκθρονίσει και με την επιρροή του εκλέχτηκε πάπας στη θέση του. Χειροτονήθηκε και ενθρονίστηκε στις 29 Μαρτίου του 537.
Παποσύνη
Ο Βιγίλιος φρόντισε ώστε ο εκθρονισμένος Σιλβέριος να φυλακισθεί, όπου και πέθανε λόγω των κακών συνθηκών κράτησής του. Μετά τον θάνατο του Σιλβέριου ο Βιγίλιος αναγνωρίστηκε ως Πάπας από όλο τον Ρωμαϊκό κλήρο. Πολλές από αυτές τις κατηγορίες για τον Βιγίλιο φαίνονται μεγαλοποιημένες, αλλά σίγουρα ο τρόπος της ανέλιξής του στον παπικό θρόνο δεν ήταν κανονικός. Παρ’ όλα αυτά η αυτοκράτειρα Θεοδώρα θεώρησε ότι εξαπατήθηκε γιατί ο Βιγίλιος, αφού ικανοποίησε την φιλοδοξία του να γίνει πάπας, διατήρησε την ίδια στάση με τον προκάτοχό του απέναντι στους μονοφυσίτες και τον εκθρονισμένο Άνθιμο. Σε μία υποτιθέμενη επιστολή του προς τους καθηρημένους Μονοφυσίτες πατριάρχες, Άνθιμο, Σέβερο και Θεοδόσιο, ο πάπας συμφωνεί μαζί τους. Η επιστολή θεωρείται πλαστή από πολλούς ερευνητές καθώς φέρει όλα γνωρίσματα της πλαστογραφίας(cf. Duchesne in Revue des quest. histor. (1884), II, 373; Chamard, ibid., I (1885), 557; Grisar in Analecta romana, I, 55 sqq.; Savio in Civilta catt., II (1910), 413-422). Ο Βιγίλιος δεν αποκατέστησε τελικά τον Άνθιμο στον θρόνο του.
Το 540 τελικά ο Βιγίλιος πήρε θέση στο ζήτημα του Μονοφυσιτισμού, στέλνοντας δύο επιστολές στην Κωνσταντινούπολη. Το ένα απευθηνόταν στον αυτοκράτορα Ιουστινιανό και το άλλο στον πατριάρχη Μηνά. Και στις δύο υποστηρίζει θετικά τις συνόδους της Εφέσου και της Χαλκηδόνας όπως επίσης και τις αποφάσεις του Πάπα Λέοντος, ενώ εγκρίνει την καθαίρεση του Πατριάρχη Άνθιμου. Πολλά από τα σωζόμενα γράμματα των πρώτων χρόνων της παποσύνης του δίνουν πληροφορίες για την εμπλοκή του στα εκκλησιαστικά ζητήματα διαφόρων χωρών. Στις 6 Μαρτίου του 538 έγραψε στον επίσκοπο Καισάριο της Αρλ για το επιτίμιο του αυστρασιανού βασιλιά Theudebert εξαιτίας του γάμου του με τη χήρα του αδελφού του. Στις 29 Ιουνίου 538 στάλθηκε δεκρετάλιο στον επίσκοπο Πορφούτουρο της Μπράγκα περιέχοντας αποφάσεις του σε διάφορα ζητήματα εκκλησιαστικής πειθαρχίας. ο Επίσκοπος Αυξάνιος και ο διάδοχός του, Αυριλιανός της Άρλ, ξεκίνησαν αλληλογραφία με τον πάπα σχετικά με την καθιέρωση του πάλλιου σαν σύμβολο του τίτλου αλλά και της εξουσίας του παπικού λεγάτου της Γαλατίας. Το 543 ο Ιουστινιανός εξέδωσε διάταγμα που καταδίκαζε τις διάφορες αιρέσεις του Ωριγένη, το διάταγμα αποστάλθηκε και στους πατριάρχες της Ανατολής και στον Βιγίλιο.
Πάπας Βιγίλιος
Στην Κωνσταντινούπολη
Προσπαθώντας να αποσπάσει την προσοχή του Ιουστινιανού από τον Ωριγενισμό, ο Θεόδωρος Ασκίδας, επίσκοπος Καισαρείας, του επισήμανε ότι καταδικάζοντας τους διάφορους αντιπροσώπους της Σχολής της Αντιόχειας, υπέρμαχους του Νεστοριανισμού θα έκανε ευκολότερη την επανένωση με τους Μονοφυσίτες. Ο Αυτοκράτορας που αγωνιούσε να πάρει με το μέρος του τους Μονοφυσίτες, συμφώνησε σε αυτό, και το 543 ή το 544 εξέδωσε νέο έδικτο καταδικάζοντας τα Τρία Κεφάλαια. Οι πατριάρχες και οι επίσκοποι της Ανατολής υπέγραψαν την καταδίκη των Τριών Κεφαλαίων. Στη Δυτική Ευρώπη όμως η διαδικασία κρίθηκε αδικαιολόγητη και επικίνδυνη, επειδή υπήρχε ο φόβος ότι θα μείωνε τη σημασία της Συνόδου της Χαλκηδόνας. Ο Βιγίλιος αρνήθηκε να αναγνωρίσει το αυτοκρατορικό έδικτο και κλήθηκε στην Κωνσταντινούπολη από τον Ιουστινιανό για την επίλυση του ζητήματος με σύνοδο. Σύμφωνα με το «Liber Pontificalis» στις 20 Νοεμβρίου, ενώ ο πάπας ιερουργούσε στη Γιορτή της Αγίας Σεσίλιας στην Εκκλησία της Αγίας Σεσίλιας στην Τραστέβερε, και πριν η λειτουργία τελειώσει του δόθηκε η εντολή από τον αυτοκρατορικό απεσταλμένο, Άνθιμο, να ξεκινήσει αμέσως για την Κωνσταντινούπολη. Ο πάπας μεταφέρθηκε σε ένα πλοίο που τον περίμενε στον Τίβερη, ενώ μέρος των κατοίκων τον καταριόταν και πετούσε πέτρες στο πλοίο. Η Ρώμη πολιορκούνταν από τους Γότθο βασιλιά Τοτίλα και οι κάτοικοι περιήλθαν σε μεγάλα δεινά. Ο Βιγίλιος έστειλε πλοία με σιτηρά στη Ρώμη αλλά αυτά αιχμαλωτίστηκαν από τους Γότθους. Σύμφωνα με το «Liber pontificalis», ο πάπας έφυγε από τη Ρώμη κατά πάσα πιθανότητα στις 22 Νοεμβρίου του 545. Έμεινε αρκετό διάστημα στη Σικελία πριν καταλήξει στην Κωνσταντινούπολη στα τέλη του 546 ή τον Ιανουάριο του 547.
Ο Βιγίλιος προσπάθησε να πείσει τον αυτοκράτορα να στείλει βοήθεια στους κατοίκους της Ρώμης και της Ιταλίας που δεινοπαθούσαν από τους Γότθους. Το κύριο ενδιαφέρον όμως του Ιουστινιανού ήταν το θέμα των Τριών Κεφαλαίων, ο Βιγίλιος βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη από το 547. Το 548 υπέγραψε το διάταγμα της καταδίκης των Τριών Κεφαλαίων ομως δεν ηταν έτοιμος να κάνει τέτοιου είδους συμβιβασμούς και αμφιταλαντεύονταν, έμελλε να υποφέρει. Οι παλινωδίες του είχαν ως αποτέλεσμα να παιχθούν ιλαροτραγικές σκηνές γύρω στο πρόσωπό του. Αργότερα ανακάλεσε την υπογραφή του, και για να μην εμφανιστεί στη σύνοδο κατέφυγε σε μια εκκλησία μαζί με τους επισκόπους της συνοδείας του. Ο Ιουστινιανός έγινε έξω φρενών μαζί του και έστειλε στρατιωτικό απόσπασμα να τον φέρει με τη βία. Ο Πάπας γραπώθηκε από την Αγία Τράπεζα και δεν έλεγε να υπακουσει της διαταγες του αυτοκρατορα. Οι στρατιώτες τον άρπαξαν από τα πόδια και από τα γένια και προσπαθούσαν να τον ξεκολλήσουν. Η Αγία Τράπεζα ανατράπηκε και παραλίγο να καταπλακώσει τον Πάπα. Ακολούθησε συμπλοκή και μερικοί επίσκοποι τραυματίστηκαν ώσπου τελικά οι στρατιώτες, μπροστά στο πείσμα του Πάπα, εγκατέλειψαν την προσπάθεια. Ακολούθησαν και άλλες περιπέτειες, και τελικά ο Βιγίλιος, με επιστολή του, αναγνώρισε την απόφαση της συνόδου για την καταδίκη των Τριών Κεφαλαίων. Η σύνοδος καταδίκασε επίσης ορισμένες άλλες αιρετικές διδασκαλίες και επικύρωσε ουσιαστικά τις αποφάσεις των προηγουμένων συνόδων. Η αλλαγή της στάσης του μπορεί να εξηγηθεί από το γεγονός ότι η καταδίκη των εν λόγω γραπτών ήταν δικαιολογημένη στην ουσία της, όμως φαίνονταν άκαιρη και θα οδηγούσε σε καταστροφικές διαμάχες με τη Δυτική Ευρώπη. Τελικά ο Βιγίλιος αναγνώρισε τις αποφάσεις της Δεύτερης Συνόδου της Κωνσταντινούπολης σε ένα γράμμα στις 8 Δεκεμβρίου του 553 προς τον πατριάρχη Ευτύχιο και διακήρυξε την απόφασή του λεπτομερώς με ένα «Καταστατικό» στις 26 Φεβρουαρίου του 554. Έτσι μετά από 8 χρόνια παραμονής του στην Κωνσταντινούπολη και αφού ήρθε σε συνεννόηση με τον Ιουστινιανό ξεκίνησε το ταξίδι επιστροφής στη Ρώμη την άνοιξη του 555 κατά τη διάρκεια του οποίου πέθανε στις Συρακούσες. Το σώμα του μεταφέρθηκε στη Ρώμη και θάφτηκε στη Βασιλική του Σιλβέστρου πάνω από την κατακόμβη της Πρισκίλλας στην Σαλάρια Οδό.
