Yebra liegt in einer Höhe von ca. 750 m in der Kulturlandschaft der Alcarria. Der Tajo begrenzt die Gemeinde im Südosten. Die Entfernung zur nordnordwestlich gelegenen Provinzhauptstadt Guadalajara beträgt ca. 35 Kilometer (Fahrtstrecke). Das Klima ist gemäßigt bis warm; Regen (534 mm/Jahr) fällt übers Jahr verteilt.[2]