Auñón liegt in einer Höhe von ca. 745 m in der Kulturlandschaft der Alcarria. Die Entfernung zur westnordwestlich gelegenen Provinzhauptstadt Guadalajara beträgt ca. 39 Kilometer (Fahrtstrecke). Im Osten der Gemeinde befindet sich der Entrepeñas-Stausee, der den Tajo aufstaut. Das Klima ist gemäßigt bis warm; Regen fällt übers Jahr verteilt.
