1973 gründete Goebel sein Ensemble Musica Antiqua Köln, das sich der Barockmusik widmete. Seit vielen Jahren ist seine „Kölner Schule“ für angehende Barockgeiger ein Begriff. 1990 musste er seine Karriere wegen einer Lähmung der linken Hand unterbrechen. Er entschied sich daraufhin, sein Instrument auf der anderen Körperseite neu zu erlernen. 2006 zwang ihn die fokale Dystonie in der linken Hand, das Geigenspiel endgültig aufzugeben. Seit dieser Zeit widmet er sich dem Dirigieren von Orchestern, auch mit modernem Instrumentarium, um diese mit der Klangwelt des 18. Jahrhunderts vertraut zu machen.
Zum Herbst 2010 wurde Reinhard Goebel in Nachfolge von Nikolaus Harnoncourt als Professor für historische Aufführungspraxis an das Salzburger Mozarteum berufen. Im Mai 2018 wurde Reinhard Goebel zum künstlerischen Leiter der Berliner Barock Solisten ernannt.[1]
2015 wählte ihn das BBC Music Magazine in die Liste der 20 besten Geiger aller Zeiten.
2017 ehrte ihn die Stadt Leipzig mit der seit 2003 jährlich verliehenen Bach-Medaille „für besondere Verdienste um die Pflege des Bach’schen Werks“.[2] Sie wurde anlässlich des Bachfestes Leipzig überreicht.
2022 Opus Klassik in der Kategorie Sinfonische Einspielung mit den Berliner Bach Solisten für Mozart Serenades.[3]
Leopold Mozart: Serenade für Trompete, Posaune und Orchester, Neue Mambacher Sinfonie, Konzert für 2 Hörner und Orchester, Bayerische Kammerphilharmonie (Label Oehms Classics)