Magdalena Kožená, die sich seit frühen Kindertagen gewünscht hat, Pianistin zu werden, begann im Alter von acht Jahren mit dem Klavierspielen. Eine schwere Handverletzung beendete die Pläne einer Laufbahn als Pianistin im Alter von zwölf Jahren. Nach dem Wechsel ins Gesangsfach begann sie 1987 ein Studium als Mezzosopranistin am Brünner Konservatorium, das sie 1991 an der Akademie für Musik und darstellende Künste in Bratislava bei Eva Blahová fortsetzte. Schon 1995, im Jahr ihres Diploms, gewann sie den 6. Internationalen Mozart-Wettbewerb in Salzburg.
2002 heiratete Magdalena Kožená den französischen BaritonVincent le Texier, den sie 2004 für den DirigentenSimon Rattle verließ. Der erste gemeinsame Sohn von Kožená und Rattle kam im März 2005 in Salzburg zur Welt, der zweite im Juni 2008 in Aix-en-Provence; ihre Tochter wurde im Juni 2014 in Berlin geboren. Kožená und Rattle heirateten im Oktober 2008 in Koženás Geburtsstadt Brünn, die Familie lebt in Berlin.
Unter den Ehrungen, die Magdalena Kožená bisher zuteilwurden, ist die Verleihung des Titels Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres durch das französische Kulturministerium (2003) hervorzuheben.
