Bei den Kongresswahlen des Jahres 1996 wurde John im siebten Wahlbezirk von Louisiana in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 3. Januar 1997 die Nachfolge von Jimmy Hayes antrat. Nach drei Wiederwahlen konnte er bis zum 3. Januar 2005 vier Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Im Jahr 2004 kandidierte er erfolglos für den US-Senat; mit einem Stimmenanteil von 29 Prozent belegte er lediglich den zweiten Platz hinter dem siegreichen RepublikanerDavid Vitter.
Seit seinem Ausscheiden aus dem US-Repräsentantenhaus arbeitet Chris John als Lobbyist. Er ist mit Payton Smith verheiratet, mit der er zwei Söhne hat.