Han startede karrieren i Frederikshavn, men blev hentet af Viborg FF i 1989. I den første sæson spillede han kun på klubbens Danmarksseriehold, men blev i sæsonens to sidste kampe rykket op på førsteholdet i 1. division (den gang landets bedste række). Han debuterede med et hattrick på hjemmebane mod KB[3] og nåede 4 mål i sæsonen 1990.
Senere skiftede han til Silkeborg IF, hvor han dog var andenviolin som angriber efter Heine Fernandez og Allan Reese. I hans første sæson scorede han 5 mål, og vandt Superligaen. Frederiksen vendte året efter hjem til Viborg igen.
Som spiller nr. 637 debuterede han på det danske fodboldlandshold i en venskabskamp på Wembley. Her fik han lov til at nyde suset fra de 71790 tilskuere da han i det 72' min. blev skiftet ind i stedet for Bent 'Turbo' Christensen.[4]
I 1999 vandt han Superligaen med AaB, hvilket må have glædet hans far Preben Frederiksen og hans onkel Eli Frederiksen, der begge havde en fodboldfortid på AaB's bedste hold. I 2001 kom han så tilbage til Viborg FF, hvor han også startede sin karriere i Danmarks bedste række (1989) og havde spillet for i to omgange i 90'erne. I Viborg FF spillede han i nr. 22. Efterfølgende er nr. 22 blevet tildelt ham, således at ingen andre får det nummer igen i Viborg FF.
I 2003 begyndte Søren Frederiksen at døje med en skade i akillesenen. Skaden gik over igen, og han han spillede en del kampe i 2004. Men da sæsonen 2004/05 gik i gang, blev han igen skadet. Han tog afsked med Viborg Stadion og hans aktive karriere den 27. august 2005 da han blev skiftet ind godt 20 min. før tid.[5]
Søren Frederiksen har flere forskellige kælenavne. De nok mest kendte er "Frede" eller "Sille".
I vinteren 2006 blev han træner for Skive IK. Både i 2006 og 2007 lykkedes det Søren Frederiksen at føre Skive IK til oprykning, og da han ultimo 2007 forlod jobbet – til fordel for et assistenttrænerjob i Viborg FF – havde han ført Skive IK fra Danmarksserien til 1. division.[6] Da Hans Eklund i april 2009 blev fyret, overtog Frederiksen cheftrænerjobbet i Viborg.[7]
Personlige forhold
Søren Frederiksen har i dag kone og to børn og bor i Viborg, hvor han er faldt godt til. For nogle år tilbage fik Søren efter sigende lov til at holde sit bryllup på Viborg Stadion med selve vielsen inde på grønsværen. Parret Frederiksen sagde "ja" til hinanden i straffesparksfeltet på Viborg FF's hjemmebane.[8]