I sommeren 2007 blev han forfremmet til førsteholdet.[kilde mangler] Efter at have kommet sig over sin skade, fik han sin ligadebut i sæsonens sidste kamp mod Vejle Boldklub.[kilde mangler]
Skader prægede imidlertid Neestrups aktive karriere, som han herefter måtte opgive.[kilde mangler]
Karriere som træner
Neestrup blev tilknyttet FC Københavns talentudviklingsprogram School of Excellence, hvor han som 27-årig blev cheftræner for klubbens U17-hold.[1] Jacob Neestrup førte i sæsonen 15/16 FC Københavns U17 hold til DM guld, hvor de gik igennem sæsonen uden nederlag.
I sommerpausen efter 2017/18 sæsonen tiltrådte Neestrup som assistenttræner for klubbens førstehold.[2]
Den 20. juni 2019 blev Neestrup præsenteret som ny cheftræner i Viborg FF.[3]
Den 22. December 2020 skiftede Neestrup jobbet som cheftræner for Viborg FF ud med et job som assistenttræner hos FC København.[4]
Efter fyring af Jess Thorup annoncerede FC København samtidig, at man har gjort Neestrup til klubbens nye cheftræner.[5]
