Marie byla mladší sestrou římskoněmeckého císaře a španělského krále Karla V. a středoevropského monarchy Ferdinanda I., sestrou francouzské a portugalské královny Eleonory, portugalské královny Kateřiny a švédské, dánské a norské královny Izabely.
Návrh na dynastické spojení našel u krále Vladislava příznivý ohlas. Po jeho vážném onemocnění se však zdálo, že tento krok sotva půjde prosadit mírovou cestou, neboť tzv. uherská „národní“ strana, nechtěla připustit, aby se někdy stal panovníkem v Uhrách cizinec. Přesto Maxmilián požádal již v polovině roku 1504 o princezninu ruku. Vladislav začal navzdory odporu uherské šlechty vyjednávat s Habsburky, s podporou královny Anny.
Dne 1. července1506 se narodilo druhé dítě Vladislava Jagellonského a Anny z Foix, syn Ludvík. Král Vladislav měl konečně mužského dědice. Přestože byl chlapec velmi slabý, udržel se při životě. Ještě než byl Marii jeden rok, byla svým dědem Maxmiliánem20. března1506 zaslíbena tomuto jedinému synovi Vladislava Jagellonského.
Karel V. svou sestru Marii ustavil roku 1531 místodržitelkou Nizozemí a na tomto postu zůstala až do roku 1555, kdy ji vystřídal kníže Emanuel Filibert Savojský. Již na počátku její vlády došlo v Bruselu k povstání vyvolaném tlakem císaře na finanční a vojenskou pomoc proti tureckému sultánovi. Krátce poté došlo k přírodní katastrofě, kdy rozbouřené moře strhlo hráze a domy. Marie přestala náročnou situaci zvládat a zhroutila se.
„
Smutek, který mne přepadl po smrti krále, mého muže, jak již Vám bylo řečeno, natolik oslabil mou mysl, že nejsem schopna unést to, co bych měla ve svém postavení činit...
Karel reagoval na sestřino zhroucení a poslal jí na pomoc svého důvěrníka Charlese de Poupet a po čase se Marie vzchopila a její duševní stav se vyrovnal. Karel jí věnoval hrad Binche jižně od Bruselu jako odměnu za její služby. Marie tento hrad vědomě přebudovala ve stylu Fontainebleau.
Někdejší nizozemská regentka Marie Habsburská zemřela roku 1558 v Cigales. V poslední vůli si přála, aby zlatý medailon ve tvaru srdce, který kdysi nosil její manžel, byl rozbit a kousky rozdány chudým.