Narodila se z prvního manželství neapolsko-sicilského krále Ferdinanda III./IV. (1751–1825) s arcivévodkyní Marií Karolínou (1752–1814). Vyrůstala v početné rodině a byla již dvanáctým dítětem tohoto královského páru. Mezi její nejznámější sourozence patří: císařovna Marie Tereza (1772–1807), toskánská velkovévodkyně Luisa Marie (1773–1802), král obojí SicílieFrantišek I. (1777–1830), sardinská královna Marie Kristýna (1779–1849), asturijská kněžna Marie Antonie (1784–1806) či salernský vévoda Leopold (1790–1851).
Otec náležel jako syn španělského krále Karla III. k domu Bourbon-Anjou a jeho matkou byla dcera saského kurfiřta z rodu WettinůMarie Amálie. Narodil se jako devátý potomek a třetí syn z tohoto manželství. Na neapolský a sicilský trůn usedl v roce 1759, kdy se jeho otec stal španělským králem. S arcivévodkyní Marií Karolínou jej oženili o devět let později.
Marie Karolína se narodila z manželství císaře Františka I. Štěpána s královnou Marií Terezií, pročež byla žádanou partií. Jejími sourozenci byli mj. císařové Josef II. a Leopold II., který se v roce 1765 sňatkem s Marií Ludovikou stal švagrem jejího budoucího manžela Ferdinanda, či francouzská královna Marie Antoinetta.