Skotskou královnou se stala už jako šestidenní dítě poté, co její otec zemřel. Už v prvním roce svého života, 9. září 1543, byla korunována skotskou královnou. Jako šestileté dítě, roku 1548, byla zaslíbena jako budoucí manželka francouzskému dauphinoviFrantiškovi a téhož roku také do Francie dorazila. Od svého skotského doprovodu byla na královském dvoře oddělena a vychovávána po celou dobu dětství a dospívání spolu s ostatními dětmi francouzského krále Jindřicha II.
Francouzská královna
24. dubna 1558 uzavřela ve věku 15 let plánovaný sňatek se svým čtrnáctiletým snoubencem Františkem. Král Jindřich II. za necelé dva roky po tomto sňatku tragicky zemřel. František se stal pod jménem František II. králem Francie a jeho žena Marie Stuartovna královnou. V zemi však fakticky vládli strýcové Marie z rodu Guisů. 5. prosince 1560 Mariin mladý manžel František II. zemřel a ona se stala ve svých osmnácti letech poprvé vdovou. 14. října 1561 opustila milovanou Francii a vrátila se zpět do rodného Skotska.
Po smrti Marie I. Tudorovny neuznala Marie Stuartovna za právoplatnou anglickou královnu Alžbětu I., svoji tetu z druhého kolena, a sama se začala titulovat také jako anglická královna (byla pravnučkou krále Jindřicha VII. Tudora). O získání anglického trůnu se však nikterak nesnažila, i když nikdy neprohlásila, že se jej zříká.
Skotská královna a hlava státu
Jako katolička se ve Skotsku od počátku dostávala do střetu s protestantskou šlechtou i duchovními. Roku 1565 se provdala za svého bratrance, šlechtice Jindřicha Stuarta, lorda Darnleye, s nímž měla syna Jakuba VI., který se stal po její smrti králem Skotska jako Jakub VI. a později také králem Anglie a Irska jako Jakub I. Manžel Marie a její spoluvladař lord Darnley byl roku 1567 zavražděn, což snad měl na svědomí, možná i s jejím vědomím, James Hepburn, hrabě Bothwell, za kterého se Marie provdala ještě v témže roce.
Také její svatba s Bothwellem vzbudila odpor protestantskýchlordů, kteří ji uvěznili na hradě Loch Leven, kde ji 25. července 1567 donutili odstoupit ve prospěch jejího syna s Darnleyem Jakuba VI. Za nedospělého Jakuba vládl jako regent jeho strýc a bratr Marie Stuartovny James Stewart z Moray. Bothwell uprchl do Skandinávie a také Marii se podařilo z vězení utéci, ale její vojsko bylo 13. května 1568 poraženo u Langside (dnes část města Glasgow) a Marie uprchla do Anglie, protože spoléhala na pomoc své příbuzné, královny Alžběty I.
Poprava královny
Královna Alžběta I., se kterou se osobně nikdy nesetkala, ji však nechala internovat, neboť jí Marie byla nebezpečná jako možná pretendentka trůnu. S tím počítali Alžbětini katoličtí odpůrci, španělský král Filip II. a papežská kurie. Roku 1587 nechali rádcové královny Alžběty skotskou královnu popravit po obvinění z podpory katolické opozice a úkladů o život anglické královny. Marie Stuartovna si totiž dopisovala se svým katolickým obdivovatelem Babingtonem, který snoval plán Marii osvobodit. Přisluhovači anglické královny však nastrčili k Babingtonovi špeha, který mu vnukl myšlenku o zavraždění královny Alžběty I. Babington se poté ve svých dopisech o tomto nápadu Marii Stuartovně zmínil a žádal ji o povolení. Vězněná skotská královna dala k vraždě v dopisech souhlas, což stačilo k usvědčení ze zrady. Dle zápisů z popravy kat královnu sťal až na třetí pokus. Když poté chtěl její hlavu za vlasy zvednout před lidi, jak tomu bylo zvykem, spadla mu na zem, jelikož Marie Stuartovna již v té době měla silně šedivé vlasy nakrátko ostříhané[1] a na veřejnost nevycházela bez paruky. Ostatky Marie Stuartovny byly pochovány v katedrále v Peterboroughu, ale roku 1612 dal její syn, anglický a skotský král Jakub Stuart, ostatky exhumovat a pohřbít ve Westminsterském opatství. Mariin poslední manžel James Hepburn, hrabě Bothwell zemřel již roku 1578 ve vězení v dánskémDragsholmu, kde byl na žádost skotské vlády a anglické královny vězněn králem Frederikem II.
ZWEIG, Stefan. Marie Stuartovna. Překlad Anna Siebenscheinová. Praha: Státní nakladatelství krásné literatury a umění, 1966.
FRASER, Antonia, 1994. Mary Queen of Scots. London, England: Weidenfeld and Nicolson, c1969. ISBN978-0-297-17773-9.Je zde použita šablona {{Cite book}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
GUY, John, 2004. "My Heart is my Own": The Life of Mary Queen of Scots. London, England: Fourth Estate. ISBN978-1-84115-753-5.Je zde použita šablona {{Cite book}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.