Narodil se do rodiny benešovského c. k. okresního adjunkta Jindřicha Matějky, původem z Pardubic, a jeho manželky Alžběty, roz. Ebrtové. Pokřtěn byl jmény Jindřich Bedřich.
Obecnou školu absolvoval v Litoměřicích, poté pokračoval studiem na malostranském gymnáziu, neboť se rodina Matiegkových odstěhovala do Prahy. Roku 1886 absolvoval medicínu v Praze a poté působil jako praktický a panský lékař v Lovosicích. Zde také poznal Marii Stránskou, vnučku mělnického purkmistra Václava Prokopa, s níž se následně oženil. V roce 1889 se jim narodila dcera Ludmila, pozdější doktorka filozofie, profesorka, archeoložka a egyptoložka.
V roce 1890 úředně zažádal, aby jeho příjmení bylo psáno Matiegka, tak, jak je uvedeno v křestním listu jeho otce z roku 1844.
Od roku 1890 se začal zabývat antropologií, organizoval antropologickou sekci Národopisné výstavy v Praze, zpracoval rozsáhlý výzkum českého obyvatelstva a podílel se na budování ústavů pro postižené. Roku 1897 se habilitoval v oboru antropologie a demografie na pražské univerzitě, roku 1904 jmenován profesorem. V letech 1922–1923 byl děkanem Přírodovědecké fakulty a v letech 1929–1930 rektorem Univerzity Karlovy. Mezi jeho četnými žáky vynikl zejména Emanuel Vlček.
Založil obor fyzické antropologie v Čechách a jeho studium v Praze, organizoval rozsáhlé výzkumy obyvatelstva a zejména mládeže a soustavně budoval antropologické muzeum, které založil jeho přítel Aleš Hrdlička. V letech 1923–1941 redigoval časopis Anthropologie a publikoval přes 200 vědeckých prací, mimo jiné o kostrách různých významných lidí (českých panovníků, Tychona Braha, J. A. Komenského[2], Albrechta z Valdštejna, Jana Žižky aj.) nebo o prehistorických nálezech K. J. Mašky v Předmostí a K. Absolona v Brně a ve Věstonicích.
Matiegkova díla
Crania bohemica I./II. Praha 1891–1893
Pozůstatky slavných mužů a žen a jejich identifikace. Praha 1912 [3]
Duše a tělo: theorie o vztahu duševní činnosti k tělesné povaze. Praha 1913 [4]
Předběžná zpráva o výsledku pátrání po ostatcích J.A. Komenského v Naardenu (1930) – předneseno na slavnostním valném shromáždění České akademie věd a umění dne 29. března 1930 [9]
Královská hrobka v chrámě sv. Víta (s A. Podlahou). Praha 1931 [10]
Ontogenetický vývin člověka po stránce tělesné i duševní. Praha 1931 [11]
Tělesné pozůstatky českých králů a jejich rodin v hrobce svatovítského chrámu v Praze (1932) [12]
Homo předmostensis I./II. Praha 1934–1938 [13][14]
↑MATIEGKA, Jindřich. Pozůstatky slavných mužů a žen a jich identifikace [online]. Praha: Otto, 1912 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Duše a tělo [online]. Praha: Topič, 1913 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Tělesné vlastnosti českého lidu [online]. Praha: J.R. Vilímek, 1917 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Vznik a počátky národa Československého [online]. Praha: J.R. Vilímek, 1917 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Původ a počátky lidstva [online]. Praha: Státní nakladatelství, 1924 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Nesprávný postoj u dětí a jeho náprava [online]. Praha: J. Matiegka, 1928 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Předběžná zpráva o výsledku pátrání po ostatcích J.A. Komenského v Naardenu [online]. Praha: Česká akademie věd a umění, 1930 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Královská hrobka v chrámě sv. Víta na hradě pražském [online]. Praha: 1931 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Ontogenetický vývin člověka po stránce tělesné i duševní [online]. Praha: J. Matiegka, 1931 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Tělesné pozůstatky českých králů a jejich rodin v hrobce svatovítského chrámu v Praze [online]. Praha: Česká akademie věd a umění, 1932 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Homo Předmostensis: fosilní člověk z Předmostí na Moravě I. [online]. Praha: Česká akademie věd a umění, 1934 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.
↑MATIEGKA, Jindřich. Homo Předmostensis: fosilní člověk z Předmostí na Moravě II. [online]. Praha: Česká akademie věd a umění, 1938 [cit. 2021-01-07]. Dostupné online.