Isabela byla dcerou burgudského vévody Filipa Sličného (1478–1506) a jeho manželky, královny Kastilie a Leónu, Jany I. (1479–1555). Její rodiče měli bouřlivé manželství, ač se z počátku zdálo, že bude šťastné. Filip si nenechal ujít žádné potěšení a jeho žárlivá manželka mu byla neustále v patách, proto se Filip, za podpory svého tchána, aragonského krále Ferdinanda II., snažil prohlásit Janu za šílenou. Po Filipově smrti byla královna „šílená“ žalem uzavřena v klášteře, kde strávila zbytek života, a vládu nad Kastilií a Leonem převzal její otec.
Dětství prožila na dvoře své tety Markéty, která byla nizozemskou místodržitelkou, spolu s bratrem Karlem a sestrami Eleonorou a Marií. Její druhý bratr Ferdinand a nejmladší sestra Kateřina zůstali ve Španělsku, Ferdinand na dědečkově dvoře, kde se mu dostalo výchovy pro budoucího španělského krále, a Kateřina s matkou v klášteře. Isabelina teta Markéta byla velmi vzdělaná žena a všem dětem poskytla laskavou péči i skvělé vzdělání, jejím učitelem byl Adriaan Florenszoon Boeyens (pozdější papež Hadrián VI.)[1] Nemohla je však uchránit politických sňatků, které osnoval její otec, císař Maxmilián I., pro svá vnoučata.
Sňatek
Hlavní motivací pro uzavření sňatku bylo politické hledisko a rozšiřování vlivu. Proto císař Maxmilián na nic nečekal a začal vyjednávat s mladým dánským a norským králem Kristiánem II., nehledě na to, že se o něm šířily znepokojující zvěsti. Kristián byl považován za největšího zpustlíka své doby. Volba padla na Maxmiliánovu druhou vnučku.
11. července1514 se tedy Isabela per procurationem provdala za dánského a norského krále Kristiána II., jehož při obřadu zastupoval její dědeček císař Maxmilián. O rok později, 12. srpna1515, se v Kodani sňatek mezi Isabelou a Kristiánem zopakoval za jejich osobní účasti. Vztahy mezi králem a nevěstinou rodinou však zůstaly chladné.
Dánská královna Alžběta
Isabela byla korunována na dánskou královnu a přijala jméno Alžběta. Kristián svou ženu nemiloval a otevřeně udržoval poměr s HolanďankouDyveke Sigbritsdatter, jejíž rodina, které král udělil vysoké státní posty, udělala královně ze života peklo. Vztahy mezi manžely se zlepšily po Dyvekině smrti roku 1517.
Roku 1520 se spolu s manželem stali také královnou a králem švédským.
Smrt v Gentu
Roku 1523 byl král Kristián II. svržen a na trůn nastoupil jeho strýc Frederik I. Bývalá královna Alžběta odmítla velkorysou nabídku nového krále, aby i s dětmi v Dánském království zůstala, a s manželem opustila zemi. Rodina odešla do Flander a nakonec se usadila v Lier v dnešní Belgii.
Po smrti Isabelly předal Kristián své a Isabelliny děti v roce 1526 do péče jejich pratety Markéty Habsburské, nizozemské místodržitelky. Roku 1531 odcestoval zpět do Skandinávie, neboť se chtěl pokusit o znovuzískání dánského trůnu. Jeho snaha nebyla úspěšná, Kristián byl jat a po dlouholetém věznění zemřel; do Flander se již nevrátil. Po smrti Markéty Habsburské v roce 1530 se o další výchovu dětí starala nová místodržitelka habsburského Nizozemí, Isabellina mladší sestra Marie Habsburská.
Potomci
Jan (21. února 1518 – 11. srpna 1532)
Maxmilián (*/† 1519)
Filip Ferdinand (*/† 1519)
Dorotea (10. listopadu 1520 – 20. září 1580), ⚭ 1535 Fridrich II. Falcký (9. prosince 1482 – 26. února 1556), kurfiřt falcký