На клубным узроўні вядомы па выступах за «Мілан» і «Ювентус». Майстар выканання стандартных палажэнняў і далёкіх удараў, адрозніваўся тонкім бачаннем поля і дакладнасцю перадач. Ён, як правіла, гуляў на пазіцыі адцягнутага плэймейкера як за клуб, гэтак і ў матчах за нацыянальную каманду, і лічыўся адным з найлепшых ігракоў у свеце на гэтай пазіцыі[5].
У 16 гадоў у складзе клуба «Брэшыя» дэбютаваў у Серыі А, добра сябе зарэкамендаваўшы, перабраўся ў адзін з наймацнейшых клубаў Італіі — «Інтэр». Пасля першага добрага сезона праводзіў вялікую частку часу ў запасе. Ягонымі канкурэнтамі на месца ў асноўным складзе на той момант былі Раберта Баджа, Юры Джаркаеф і Альвара Рэкоба. У сезоне 1999/2000 выходзіў на поле ў складзе клуба «Рэджына», куды быў аддадзены ў арэнду «Інтэрам», паказаўшы добры футбол на наступны сезон ён зноў вярнуўся ў склад «Інтэра». Не знайшоўшы агульнай мовы з новым трэнерам каманды, за суму ў 10 мільёнаў долараў ЗША ён перайшоў у «Мілан», дзе раскрыўся цалкам яго талент.
18 мая 2011 года Андрэа Пірла абвясціў аб сыходзе з «Мілана» па заканчэнні сезона[6]. Праз шэсць дзён, 24 мая, падпісаў трохгадовы кантракт з турынскім «Ювентусам», які дзейнічае да 30 чэрвеня 2014 года.
У «Ювентусе» Пірла атрымаў новую матывацыю, і ў выніку пераўзышоў усе спадзяванні заўзятараў. Хутка замацаваўшыся ў цэнтры паўабароны, Пірла дапамог «Ювентусу» вярнуцца на вядучыя пазіцыі ў італьянскім футболе — разам з Андрэа турынцы ўпершыню пасля скандалу 2006 года сталі чэмпіёнамі Італіі. Усе чатыры сезоны, якія Пірла правёў у «Ювентусе», той станавіўся чэмпіёнам, а ў сезоне 2014/15 здолеў дайсці да фіналу Лігі чэмпіёнаў.
6 ліпеня 2015 года было афіцыйна абвешчана аб пераходзе Пірла ў клуб амерыканскай МЛС «Нью-Ёрк Сіці»[7]. У кастрычніку 2017 года абвясціў, што па заканчэнні сезона 2017 завяршыць кар’еру[8]. 6 лістапада 2017 года згуляў свой апошні матч за «Нью-Ёрк Сіці», калі дапамог перамагчы «Каламбус Кру» (2:0), аднак нью-ёркскі клуб па суме двух матчаў саступіў 3:4 і выбыў з плэй-оф МЛС. Пасля матча Пірла пацвердзіў завяршэнне кар’еры[9].
У 2019 годзе атрымаў трэнерскую ліцэнзію катэгорыі Pro. 30 ліпеня 2020 года быў прызначаны галоўным трэнерам моладзевай каманды «Ювентуса», а ўжо праз дзевяць дзён узначаліў асноўную каманду клуба. У сезоне 2020/21 «Ювентус» пад кіраўніцтвам Пірла ўпершыню за 10 гадоў не здолеў стаць чэмпіёнам Італіі, аднак перамог у кубку краіны. У маі 2021 года стала вядома, што Пірла пакідае пасаду галоўнага трэнера турынскага клуба[10].
У чэрвені 2022 года стаў галоўным трэнерам турэцкага клуба «Фаціх Карагюмрук»[11]. У маі 2023 года клуб абвясціў пра сыход трэнера па заканчэнні сезона, а ў чэрвені 2023 года Пірла ўзначаліў «Сампдорыю».