Пепэ з’яўляецца выхаванцам бразільскага футболу. 18-гадовым юнаком перабраўся ў Партугалію, дзе дэбютаваў у дарослым футболе ў 2001 годзе выступамі за каманду клуба «Марытыму» з вострава Мадэйра. Ужо з наступнага года стаў асноўным іграком каманды. Правёў у «Марытыму» тры сезоны, прыняўшы ўдзел у 63 матчах чэмпіянату.
Сваёй гульнёй за каманду прыцягнуў увагу прадстаўнікоў трэнерскага штаба клуба «Порту», да складу якога далучыўся ў 2004 годзе. Згуляў за клуб з Порту наступныя тры сезоны сваёй гульнявой кар’еры. Гуляючы ў складзе «Порту» таксама выходзіў на поле ў асноўным складзе каманды. За гэты час двойчы выйграваў чэмпіянаты краіны і розыгрышы нацыянальнага Кубка. У 2004 годзе стаў у складзе «Порту» ўладальнікам Міжкантынентальнага кубка.
У склад мадрыдскага «Рэала» далучыўся ў 2007 годзе. Доўгі час быў асноўным абаронцам мадрыдцаў. У сезоне 2016/17 з-за траўм правёў толькі 18 матчаў ва ўсіх турнірах, і ў канцы сезона абвясціў аб зыходзе з «Рэала» па заканчэнні кантракта. У ліпені 2017 года падпісаў пагадненне з турэцкім «Бешыкташам»[3]. Пакінуў «Бешыкташ» па пагадненні бакоў у снежні 2018 года[4].
У жніўні 2007 года атрымаў грамадзянства Партугаліі і тым жа месяцам быў упершыню выкліканы ў зборную Партугаліі. Разам са зборнай браў удзел у шматлікіх міжнарожных спаборніцтвах.