بدأت المرحلة الثانية للاتحاد الآسيوي من تصفيات كأس العالم لكرة القدم 2006 في 18 فبراير 2004 وانتهت في 17 نوفمبر 2004.
أحرز البلد الأعلى مرتبة في كل مجموعة في نهاية المرحلة تقدما إلى المرحلة الثالثة، حيث ستقسم الفرق الباقية الثمان إلى مجموعتين من أربعة فرق.
قسمت الفرق الـ32 (25 فريق حصلوا على إعفاء مباشرة إلى المرحلة الثانية و7 فائزين من مرحلة المباريات الفاصلة) إلى ثماني مجموعات من أربعة فرق لكل منها – مع لعب الفرق ذهابا وإيابا ضد كل من الفرق الأخرى الثلاث في المجموعة.
الفريق الأعلى مرتبة في كل مجموعة تأهل للمرحلة الثالثة.