國防部高等軍事法院（High Military Court, MND），隸屬於中華民國國防部法律事務司[1]，專門審理中華民國國軍將級軍官、校級軍官及其同等軍人犯罪之第一審案件、不服地方軍事法院及其分院第一審判決而上訴之案件、及不服地方軍事法院及其分院裁定而抗告之案件。
高等軍事法院及其分院各置院長一人，由軍事審判庭庭長兼任，軍事檢察長一人，均少將，並置軍事檢察官、軍法行政官及軍法法制官，職務列上校或中校，庭長由軍事審判長兼任，職務列上校，軍事審判官、軍事檢察官，職務列中校或少校，主任書記官，職務列中校，行政官、書記官、軍法官，職務列少校。
因應司法院釋字第436號解釋《軍事審判法》為現役軍人涉及相關犯罪案件之刑事特別程序，須由法律定之且必要符合民主人權之保障與程序正義，其刑罰權發動亦為中華民國之司法權，以及修正軍事審判法將軍事審判機關從軍事機關下改為地區制。在正要卸任的總統李登輝主導下，由國防部長唐飛成編於1999年10月。
2012年2月10日，國防部高等軍事法院由臺北市文山區興隆路二段88號搬遷至桃園縣八德市興豐路868號北部軍事院檢大樓。
2013年8月6日，立法院三讀通過修正《軍事審判法》第1條、第34條和第237條。現役軍人於承平時期，若觸犯《陸海空軍刑法》之凌虐部屬罪、以強暴、脅迫、恐嚇或其他不正當方法阻撓部屬請願等，以及違犯殺人、妨害性自主等罪者，移至普通司法機關追訴、處罰。凌虐部屬罪、不應懲罰而懲罰罪、阻撓部屬陳情罪等軍刑事案件，自《軍事審判法》修法公告後，非戰時的軍人案件移轉至普通司法機關追訴處罰，至於其他刑事案件將於公告後5個月後施行。[2]同年10月，最高軍事法院與最高軍事法院檢察署專案編組成「國防部北部地區法律服務中心」和「國防部南部地區法律服務中心」，高等以下軍事法院編入司令指揮部法律事務組，但一旦進入戰爭時期即恢復原軍事法院功能。[3][4]
2025年3月中，時任中華民國總統賴清德宣佈因應中國近年對國軍滲透及間諜活動日趨嚴重，而將重啟軍事審判制度；[5]國防部即研議未來現役軍人觸犯《陸海空軍刑法》第二編的軍事犯罪（如違反效忠國家職責罪章等）就以軍事審判，若為涉犯第三編的一般犯罪案件就仍由司法機關辦理；並檢視與軍事審判有關的組織與人事法規。[6][7]